SimpleITK图像基础（三）——SimpleITK学习笔记

前言

SimpleITK是专门处理医学影像的软件，是ITK的简化接口，使用起来非常便捷，SimpleITK支持8种编程语言，包括c++、Python、R、Java、c#、Lua、Ruby和TCL。在SimpleITK中，图像的概念与我们在计算机视觉中常用的RGB图像差异很大，后者只是一个多维矩阵，是一个数学上的概念，而在SimpleITK中图像是一个物理实体，图像中的每一个像素都是物理空间中的一个点，不光有着像素值，还有坐标、间距、方向等概念（这些概念我们后续会介绍）。

下面我们用python对SimpleITK库中常用的函数进行举例说明。

在使用SimpleITK库之前，需要将SimpleITK库导入进来，如下

import SimpleITK as sitk

1 sitk中的常见属性值

sitk中有以下四种常见的属性，分别可以使用get的方式获取，代码如下所示：

print(image.GetSize()) #获取图像的大小，size为图像的每一个维度的长度，即每个维度像素点的个数
print(image.GetOrigin()) #获取图像的原点坐标
print(image.GetSpacing()) #获取每个维度上像素或体素之间的间距，单位mm，其中对于二维图像是像素，三维图像是体素
print(image.GetDirection()) #获取图像的方向，即图像坐标系相对世界坐标系的角度，角度采用的是方向余弦矩阵

以二维图像为例，如下图所示，左下图是世界坐标系，右下图是图像坐标系。属性值如下所示：

print(image.GetSize())
（7， 6） #在SimpleITK中，读取的顺序为[X, Y, Z], 即先宽度，后高度，再深度，对应的三维医学图像中为：先矢状位，后冠状位，再横断位。

print(image.GetOrigin())
（60.0， 70.0） #读取顺序同GetSize()方法

print(image.GetSpacing())
（20.0， 30.0） #读取顺序同GetSize()方法， 每个维度可以具有不同的间距，且每个维度不一定是正交的。

print(image.GetDirection())
（1.0， 0.0， 0.0， 1.0） 

2 读取和保存图像

SimpleITK可以读取如.mhd , .nii, .nrrd等图像数据格式。

#以读取和保存mhd图像为例
imagepath = "xxx.mhd"   #图像路径
writepath = "xxx.mhd"  #保存图像路径
image = sitk.ReadImage(imagepath）
sitk.Write(image, writepath)
image1 = sitk.ReadImage(imagepath, sitk.sitkFloat32） #你可以指定读取的数据类型

Note1：图像访问是以x， y， z顺序GetPixel(x,y,z) 或 image[x,y,z]， 从0开始索引。

Note2：默认的mask图像类型和默认值为sitkUInt8或标量图像uint8_t， 默认值为0和1，其中1代表的是mask。

3 像素类型

像素类型表示为枚举类型，下面是部分枚举类型的表。

还有sitkUnknown类型，用于未定义或错误的像素ID，值为-1。

Note：64位整数类型并非在所有的发行版上都可用，如果不可用，则值为sitkUnknown，将图像保存为nii文件，用ITKsnap读取时就会出现的错误如下：

4 SimpleITK图像数据和Numpy矩阵数据之间的转换

般我们会用SimpleITK读取图像，再转换为numpy矩阵格式，这样方便数据的处理。

Note

在SimpleITK中，各术语对应如下

Width: 宽度，X轴，矢状面（Sagittal）
Height: 高度，Y轴，冠状面（Coronal）
Depth: 深度， Z轴，横断面（Axial）

SimpleITK图像顺序是x，y，z三个方向的大小（在第一节中也讲过），而numpy矩阵的顺序是z，y，x三个方向的大小, 要注意索引位置。

举个例子：假设实验用的图片大小为320*250*80，即矢状面（x轴方向）切片数为320，冠状面（y轴方向）切片数为250，横断面（z轴方向）片数为80。

SimpleITK2Numpy：

GetArrayFromImage()：返回图像数据的副本。然后可以自由地修改数据，因为它对原始SimpleITK图像没有影响。

# sitk image to numpy 
shape_img = image.GetSize() #输出形状为：(Width, Height, Depth)，即原始SimpleITK数据的存储形式
print(