3、基于改进遗传算法的DNA序列设计与双射数字误差控制编码研究

基于改进遗传算法的DNA序列设计与双射数字误差控制编码研究

基于改进遗传算法的DNA序列设计

DNA计算是一种以生物分子DNA为计算介质、以生化反应为计算工具的新方法。DNA序列设计在提高DNA计算可靠性方面起着重要作用，其目的是设计满足特定约束条件的DNA序列，以避免意外的分子反应。

DNA计算与编码问题

1994年，Adleman博士发表论文标志着DNA计算这一研究领域的诞生。在DNA计算中，核心反应是DNA序列之间的特异性杂交或沃森 - 克里克互补，这直接影响着计算的可靠性。然而，计算过程中可能会出现错误杂交，分为假阳性和假阴性两类。

编码问题是要对DNA码字的每一位进行编码，使DNA链在生化反应中能与其互补链特异性杂交。目前，编码的主要目标是通过合适的相似度度量来最小化不同DNA序列之间的相似度距离。为此，提出了最小汉明距离和基于汉明距离的H - 度量来定义DNA码字之间的距离，并基于这两种距离度量提出了多种可靠DNA序列设计的算法和方法。

DNA编码准则与约束

• 编码准则 ：DNA序列的编码字母表是核酸碱基A、T、G、C的集合。在长度为N的DNA链编码集S中，需寻找满足特定条件的子集C，即对于任意的(x_i,x_j\in C)，(\tau(x_i,x_j)\geq k)，其中k是正整数，(\tau)是评估编码的预期准则，编码应满足组合约束和热力学约束。
• 编码约束 ：
  • 汉明距离约束 ：(x_i)和(x_j)之间的汉明距离不应小