R语言笔记-分类变量列联表和独立性检验

最新推荐文章于 2024-08-09 22:13:26 发布

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本文介绍了如何使用R语言进行频数表与列联表的生成，包括一维、二维和多维列联表，并详细讲解了独立性检验，如χ2检验、相对危险度(RR)、比值比(OR)、Mantel-Haenszel检验和McNemar检验，提供了一系列实用的R包和函数。

文章目录

频数表与列联表的生成
独立性检验

示例数据： MASS包中的 birthwt数据集。
首先将数据集中的分类变量因子化，具体参考这里。

频数表与列联表的生成

一维频数表

仅展现1个分类变量频数统计
语法：table(数据框名$变量名)

> table(birthwt$low)

 no yes 
130  59

展现百分比，而非频数：prop.table(频数表)

> prop.table(table(birthwt$low))

       no       yes 
0.6878307 0.3121693  # 可使用round()保留小数，此处不再赘述

epiDisplay包中的tab1()函数：给出含百分比、累计百分比的一维频数表，并生成一个频数分布的条形图；语法为tab1(数据框名$变量名)

> tab1(birthwt$low)
birthwt$low : 
        Frequency Percent Cum. percent
no            130    68.8         68.8
yes            59    31.2        100.0
  Total       189   100.0        100.0

在这里插入图片描述

二维列联表

又称为交叉表，展现了两个分类变量下的频数统计
也可以使用table函数：table(数据框名$变量1,数据框名$变量2)

> table(birthwt$low,birthwt$smoke)
     
      no yes
  no  86  44
  yes 29  30

生成边际频数（行列subtotal汇总）：addmargins(频数表)

> addmargins(table(birthwt$low,birthwt$smoke))
     
       no yes Sum
  no   86  44 130
  yes  29  30  59
  Sum 115  74 189

epiDisplay包中的tabpct()函数：给出含边际频数、按行&按列求百分比的列联表，还给出一个马赛克图；语法为tabpct(数据框名$变量1,数据框名$变量2)

> tabpct(birthwt$low,birthwt$smoke)

Original table 
           birthwt$smoke
birthwt$low   no  yes  Total
      no      86   44    130
      yes     29   30     59
      Total  115   74    189

Row percent 
           birthwt$smoke
birthwt$low      no     yes  Total
        no       86      44    130
             (66.2)  (33.8)  (100)
        yes      29      30     59
             (49.2)  (50.8)  (100)

Column percent 
           birthwt$smoke
birthwt$low   no       %  yes       %
      no      86  (74.8)   44  (59.5)
      yes     29  (25.2)   30  (40.5)
      Total  115   (100)   74   (100)

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