AlphaFold 3引用指南：学术论文规范与致谢格式-CSDN博客

AlphaFold 3引用指南：学术论文规范与致谢格式

【免费下载链接】alphafold3 AlphaFold 3 inference pipeline. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/alp/alphafold3

在计算生物学领域，AlphaFold 3的出现彻底改变了蛋白质结构预测的范式。作为一款由Google DeepMind和Isomorphic Labs联合开发的AI模型，其不仅提供了高精度的生物分子结构预测能力，还为科研工作者探索生命奥秘提供了强大工具。然而，随着其在学术界的广泛应用，正确的引用规范和致谢格式成为确保研究成果可信度和尊重开发者知识产权的关键。本文将详细介绍AlphaFold 3在学术论文中的引用方法、致谢要求以及相关注意事项，帮助科研人员规范使用这一突破性工具。

引用基础规范

AlphaFold 3的学术引用需严格遵循Nature期刊发表的原始论文格式。根据项目README.md中的明确要求，任何使用该软件、模型参数或其输出结果的研究出版物，都必须引用以下文献：

@article{Abramson2024,
  author  = {Abramson, Josh and Adler, Jonas and Dunger, Jack and Evans, Richard and Green, Tim and Pritzel, Alexander and Ronneberger, Olaf and Willmore, Lindsay and Ballard, Andrew J. and Bambrick, Joshua and Bodenstein, Sebastian W. and Evans, David A. and Hung, Chia-Chun and O’Neill, Michael and Reiman, David and Tunyasuvunakool, Kathryn and Wu, Zachary and Žemgulytė, Akvilė and Arvaniti, Eirini and Beattie, Charles and Bertolli, Ottavia and Bridgland, Alex and Cherepanov, Alexey and Congreve, Miles and Cowen-Rivers, Alexander I. and Cowie, Andrew and Figurnov, Michael and Fuchs, Fabian B. and Gladman, Hannah and Jain, Rishub and Khan, Yousuf A. and Low, Caroline M. R. and Perlin, Kuba and Potapenko, Anna and Savy, Pascal and Singh, Sukhdeep and Stecula, Adrian and Thillaisundaram, Ashok and Tong, Catherine and Yakneen, Sergei and Zhong, Ellen D. and Zielinski, Michal and Žídek, Augustin and Bapst, Victor and Kohli, Pushmeet and Jaderberg, Max and Hassabis, Demis and Jumper, John M.},
  journal = {Nature},
  title   = {Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold 3},
  year    = {2024},
  volume  = {630},
  number  = {8016},
  pages   = {493–-500},
  doi     = {10.1038/s41586-024-07487-w}
}

该引用包含了完整的作者列表、期刊信息、标题、年份及DOI编号，确保了学术溯源的准确性。对于需要简化作者列表的期刊，可使用"et al."缩写形式，但建议在首次引用时保留完整作者信息。

输出结果引用要求

使用AlphaFold 3生成的结构预测结果（Output）在发表时需遵守特殊条款。根据OUTPUT_TERMS_OF_USE.md第5条规定，所有公开发布或分发的Output必须：

明确标注其来源于AlphaFold 3
附带AlphaFold 3 Output Terms of Use的完整文本或链接
说明对原始Output所做的任何修改

对于期刊论文中的图表示例，推荐使用如下标注方式：

图1. 使用AlphaFold 3预测的XXX蛋白结构模型。结构预测通过AlphaFold 3 inference pipeline完成（Abramson et al., 2024），原始输出文件遵循AlphaFold 3 Output Terms of Use。

当在补充材料中提供完整Output数据时，必须包含一个"Legally Binding Terms of Use"文本文件，内容如下：

By using this information, you agree to AlphaFold 3 Output Terms of Use found at [OUTPUT_TERMS_OF_USE.md](https://link.gitcode.com/i/9a19487b69fb653ba6c8d96853b23b5b).

To request access to the AlphaFold 3 model parameters, follow the process set out at [README.md](https://link.gitcode.com/i/56f690cb06d271144e2bb8fe09d59db6). You may only use these if received directly from Google. Use is subject to terms of use available at [WEIGHTS_TERMS_OF_USE.md](https://link.gitcode.com/i/82157ad201c8bed3db5c5c5e0109b5f5).

模型参数使用致谢

获取并使用AlphaFold 3模型参数的研究人员，除了引用核心论文外，还需在致谢部分特别感谢模型提供方。根据WEIGHTS_TERMS_OF_USE.md第7章保密条款，模型参数属于Google机密信息，使用时需在致谢中明确：

本研究使用的AlphaFold 3模型参数由Google DeepMind提供，使用遵循AlphaFold 3 Model Parameters Terms of Use。

对于通过AlphaFold Server获取的预测结果，致谢应包含：

感谢Google DeepMind提供的AlphaFold Server服务支持。

项目README.md的致谢部分还列出了对AlphaFold 3开发做出贡献的核心团队成员，包括工程负责人Augustin Žídek及其他关键贡献者。在相关研究中若特别使用了某部分功能，可针对性致谢相应开发者。

许可协议合规要点

AlphaFold 3的源代码采用CC-BY-NC-SA 4.0许可协议，这意味着任何基于该代码的修改和分发必须：

保留原作者署名
仅用于非商业目的
以相同许可协议分发衍生作品

商业机构使用AlphaFold 3需特别注意WEIGHTS_TERMS_OF_USE.md第1章的限制条款：模型参数仅允许非商业组织使用，且禁止将Output用于训练类似的生物分子结构预测模型。违反许可协议可能导致使用权限被终止，并承担相应法律责任。

常见引用错误与修正

学术写作中常见的AlphaFold 3引用错误包括：

错误1： 使用旧版AlphaFold引用格式
修正： 确保使用2024年Nature发表的AlphaFold 3特定引用，而非AlphaFold 1或2的文献
错误2： 未标注Output使用条款
修正： 在方法部分添加"Output使用遵循AlphaFold 3 Output Terms of Use"
错误3： 商业研究中未获得特殊许可
修正： 商业机构需联系Google获取商业使用授权，详情参见WEIGHTS_TERMS_OF_USE.md第2章
错误4： 引用GitHub仓库而非正式论文
修正： GitHub仓库(https://link.gitcode.com/i/076ae53d27d810f9776add277ac686d3)仅作为代码托管平台，不能替代正式论文引用

引用管理工具配置

为便于科研人员正确引用AlphaFold 3，以下提供主要引用管理工具的配置示例：

Zotero配置

导入DOI: 10.1038/s41586-024-07487-w
添加附加字段：
- 代码仓库: https://link.gitcode.com/i/076ae53d27d810f9776add277ac686d3
- 许可证: CC-BY-NC-SA 4.0

Mendeley配置

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  <style>AlphaFold 3 Citation Style</style>
  <format>
    <authors/> et al. <year>. <title>. <journal>, <volume>(<number>), <pages>. <doi>.
    Note: This work uses AlphaFold 3 software (https://link.gitcode.com/i/076ae53d27d810f9776add277ac686d3) under [CC-BY-NC-SA 4.0](https://link.gitcode.com/i/4f188784034e83b9e630b4e418a1930d).
  </format>
</custom-citation>

研究人员可通过项目docs/目录下的文档获取更多引用相关信息，包括installation.md中的使用说明和input.md中的输入格式规范。

正确引用和致谢不仅是学术规范的要求，也是对开发者工作的尊重，有助于维护开放科学生态系统的可持续发展。随着AlphaFold 3在各领域的广泛应用，遵守这些规范将确保研究成果的可重复性和可信度，推动结构生物学研究的进一步发展。

【免费下载链接】alphafold3 AlphaFold 3 inference pipeline. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/alp/alphafold3

创作声明：本文部分内容由AI辅助生成（AIGC），仅供参考