RDKit显示原子序号

最新推荐文章于 2026-06-27 15:54:19 发布
转载 最新推荐文章于 2026-06-27 15:54:19 发布 · 876 阅读 · 2 ·
本内容遵循CC 4.0 BY-SA版权协议
原文链接：https://www.rdkit.org/docs/Cookbook.html#drawing-molecules-jupyter

希望在显示分子的时候同时看到原子序号，可以采用下面代码，来源为这里：https://www.rdkit.org/docs/Cookbook.html#drawing-molecules-jupyter

def mol_with_atom_index(mol):
    for atom in mol.GetAtoms():
        atom.SetAtomMapNum(atom.GetIdx())
    return mol

smi = 'NC(=O)C1CN(Cc2nc[nH]n2)C1'
mol = Chem.MolFromSmiles(smi)
mol_with_atom_index(mol)

Molecule without index

Molecule with index

标签
#RDKit
_TFboy
关注
RDKit | 基于RDKit绘制带原子索引的分子
DrugOne
03-12 3839
RDKit可以使用IPythonConsole轻松绘制分子。 用原子索引绘制分子。 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole IPythonConsole.ipython_useSVG = True def mol_with_atom_...
RDKit|分子基本信息的提取（原子、键、环、芳香性等）
qq_39889473的博客
08-15 697
本节详细介绍了如何使用 RDKit 提取分子的基本信息，包括原子、键、环和芳香性等。RDKit 提供了丰富的工具，用于从分子对象中提取原子、键、环、芳香性等各种信息。芳香性是分子的一种特殊性质，具有芳香性的分子通常具有稳定的电子结构。在 RDKit 中，可以轻松提取分子中的原子信息，如原子数量、原子类型、原子序号等。在 RDKit 中，可以提取分子中的键信息，如键的数量、类型、键的键级等。可以遍历分子中的每个键，提取其类型（单键、双键等）和键级（1、2、3）。方法获取分子中的环信息，并计算环的数量。
rdkit获得原子的标准排序序号
m0_47163076的博客
03-12 1660
发现rdkit同一个分子不同操作得来的mol都原子排序是不同的 解决：以inchi为标准 参考 rdkit.Chem.inchi.MolToInchiAndAuxInfo(mol, options=’’, logLevel=None, treatWarningAsError=False) — rdkit文档 auxInfo详细解释在inchi文档 for i,atom in enumerate(mol_H_Rc.GetAtoms()): atom.SetAtomMapNum(i) mol_
rdkit 绘制分子【可视化分子】
qq_36801966的博客
06-03 9990
rdkit 内置了Draw模块，用于绘图，把一些经常用到的方法直接放在Draw下面。 文章目录一、引入所需库二、分子对象转化为图片2.1 分子对象转图片文件函数解析2.2 分子对象转图片函数解析2.3 分子对象转图片2.4 多个分子按照grid显示2.5 多个分子基于公共骨架按照grid显示 一、引入所需库 #! /usr/bin/python # coding: utf-8 # rdkit 绘制分子【可视化分子】 from rdkit import Chem from rdkit.Chem imp.
RDKit|突出分子差异
qq_39889473的博客
07-09 1091
目录1. 导入相关包2. 两种高亮方式方法一：通过子结构匹配进行高亮方法二：直接高亮指定的原子编号3. 高亮分子的不同子结构 如果出现导入失败，请先安装RDKit，'pip install RdKit’即可。 输出： 图1 高亮分子子结构图根据方法一打印出来的原子编号，在方法二中使用该原子编号。​​​​​​​ 图2 方法二高亮分子子结构图图1和图2，标记出的分子子结构是一样的，可想而知，两种方法都能够达到同样的效果。但是方法一更简单直观。定义两种分子并可视化：​​​​​​​ 图3
RDKit | 基于RDKit的指定原子或键高亮
DrugOne
03-27 2490
基于RDKit的指定原子或键高亮 指定原子或键高亮 HilightChemAtom.py from rdkit import Chem from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D from IPython.display import SVG from io import BytesIO from PIL import Image from cairo...
RDKit 记录
weixin_44204830的博客
10-20 2778
RDKit Learning 1.SMILES和MOL之间的转换常用函数： MolFromSmiles(Smiles, (bool)sanitize=True , (dict)replacements={} ) -> None sanitize为TRUE执行合格性检查，replacements为替换的字符串的dict MolToSmiles( (Mol)mol , (bool)isomericSmiles=True , (bool)kekuleSmiles=False , (int)roote
plaintextedit指定一行一行的高亮显示_RDKit | 基于RDKit的指定原子或键高亮
weixin_39954682的博客
11-27 263
基于RDKit的指定原子或键高亮指定原子或键高亮HilightChemAtom.py from rdkit import Chem from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D from IPython.display import SVG from io import BytesIO from PIL import Image from cairosvg imp...
RDKit|分子基础操作与药效团查找
最会设计的科研狗
05-23 4974
文章目录分子基础操作与药效团查找1.原子操作2.键操作3.环操作4.手动实现氧族药效团查找 分子基础操作与药效团查找 1.原子操作 在rdkit中，分子中的每一个原子都是对象，可以通过原子对象的属性和函数来获取各种信息。 对原子进行遍历：m.GetAtoms() 获取原子索引：GetIdx() 获取原子序号：GetAtomicNum() 获取原子符号：GetSymbol() 获取原子连接数（受H是否隐藏影响）：GetDegree() 获取原子总连接数（与H是否隐藏无关）：GetTotalDegree()
RDKit|分子可视化，定制你的分子图
qq_39889473的博客
09-21 1056
在化学信息学和分子设计中，能够以定制化的方式展示分子结构图对于科学研究和数据呈现至关重要。RDKit 提供了多种方法来调整分子图的样式和标签，使得用户可以根据具体需求对分子图进行美化和标注。本节将介绍如何使用 RDKit 自定义分子图的外观，包括修改原子和键的样式、添加注释、调整颜色以及设置其他视觉元素。1 自定义原子和键的颜色通过自定义原子和键的颜色，可以突出显示分子中特定的结构特征或化学性质，这在分析分子结构或展示关键化学基团时特别有用。1.1 自定义原子颜色可以通过。
RDkit四：数据处理过程中smiles编码的清洗统一化
gongfuxiongmao_的博客
02-28 6419
rdkit使用，化学信息学，AI, AIDD
「日拱一码」159 RDKit分子可视化
weixin_44396644的博客
11-24 403
RDKit分子可视化
RDKit实战指南：从分子数据解析到3D结构可视化的全流程
weixin_33696106的博客
04-15 276
本文详细介绍了RDKit在化学信息学中的应用，从分子数据解析到3D结构可视化的全流程。通过实战案例和代码示例，展示了RDKit如何高效处理SMILE字符串、PDB文件，以及生成分子描述符和可视化结构。特别适合药物发现和材料科学研究人员使用，提升工作效率。
RoseTTAFold All-Atom：全分子协同建模的蛋白质-配体结构预测新范式
最新发布
06-27 480
蛋白质-配体复合物结构预测是药物设计与机制解析的核心基础任务，其本质是求解多组分生物大分子在原子尺度下的热力学稳定构象。传统方法受限于‘蛋白中心主义’范式，将配体、核酸、金属离子等视为静态附属，导致界面精度不足、结合能预测失真。RoseTTAFold All-Atom（RFAA）突破性地采用全原子输入-表示-输出一体化架构，融合进化信息、量子化学约束与几何先验，实现蛋白、DNA/RNA、小分子及辅因子的端到端协同建模。该技术显著提升界面RMSD与pLDDT等关键指标，已在理性药物设计、从头蛋白设计及膜蛋白-
分子骨架跃迁工具-DeLinker介绍
wufeil7的博客
07-24 2863
DeLinker是一个既可以实现分子骨架跃迁又可以实现分子连接的AI方法。这里对该方法，进行实应用测检验，顺便做了DeLinker在分子骨架跃迁中应用部分的代码分析。
rdkit GetAtoms获取化合物每个位置的索引、GetAtomWithIdx；rdkit FindMCS大公共相同结构 找不同化合物之间的差异
weixin_42357472的博客
11-05 874
rdFMCS这个函数是找最大公共相同结构；有的话就可以通过MolFromSmarts获取gonhgt共同结构的smarts。
RDKit | 基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学
DrugOne
04-26 2583
基于RDKit绘制带原子和键的索引、注释和立体化学 导入库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D from rdkit.Chem import rdDepictor rdDepictor.SetPreferCoordGen(True) from r...
一起学　RDKit Cookbook (1)
wufeil7的博客
05-07 3208
这部分内容来自于RDKIT的简单教程：https://www.rdkit.org/docs/Cookbook.html RDKIT算是化学生物的神器了，以前每一次都是即时查接口，现在按照这个简易教程走一遍，增加感觉。 最好的办法就是全程过一遍。 当然啦，在这些过程中，也有我自己对RDKit的一些理解吧。如果有不对的地方，请多多指正！ 一、画分子 Chem.MolFromSmiles()输入的字符串是SMILES（用于表示分子的一种方法），得到的是ｍｏｌ对象； ｍｏｌ对象是ｒｄｋｉｔ的特殊的对象，专门用于保存
RDKit|分子修改与编辑
最会设计的科研狗
05-24 4967
文章目录一、初级篇1.氢原子显示与隐藏2.芳香键与kekule式转换二、高级篇1.Atom和Bond对象的编辑功能2.RWMol类的编辑功能 一、初级篇 1.氢原子显示与隐藏 正常情况下，分子在rdkit中存储时，氢以隐式氢的形式存储，即不会在图片中显示出来。当需要加入氢原子时，例如要生成和优化立体结构，可以通过函数加上氢原子。 加氢：AddHs() 去氢：RemoveHs() >>> from rdkit import Chem >>> m = Chem.MolFr
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值