18、大肠杆菌色氨酸操纵子调控的确定性建模与优化

大肠杆菌色氨酸操纵子调控的确定性建模与优化

1. 确定性建模与代码实现

1.1 微分方程建模

在大肠杆菌色氨酸操纵子调控的研究中，涉及到多个状态变量的动态变化，通过以下微分方程来描述：

dMF_dt = k_p*P*O_F_tau_m*np.exp(-mu*tau_m)*(1 - A_T) - k_rho*rho*(M_F - M_F_tau_rho*np.exp(-mu*tau_rho)) - (kdD + mu)*M_F
dE_dt = 0.5*k_rho*rho*M_F_tau_e*np.exp(-mu*tau_e) - (gama + mu)*E
dT_dt = K*E_A - G + F - mu*T

同时，为了确保状态变量的非负性，添加了如下条件：

if state_org[0] < 0 and dOF_dt < 0:
    dOF_dt = 0
if state_org[1] < 0 and dMF_dt < 0:
    dMF_dt = 0
if state_org[2] < 0 and dE_dt < 0:
    dE_dt = 0
if state_org[3] < 0 and dT_dt < 0:
    dT_dt = 0

最后将所有状态变量的导数组合成一个数组返回：

dOF_MF_E_T_dt = n