国信中业—单晶X射线衍射（SCXRD）表征

一、介绍

单晶X射线衍射（SC-XRD）是测定晶体材料三维（3D）原子级结构的最常用、最有效的方法之一。SC-XRD是一种非破坏性技术，可产生定量数据，包括但不限于：

晶胞尺寸、空间群对称性、原子坐标、键长和键角、热运动参数、结构紊乱。

与粉末X射线衍射（PXRD）方法（其中结构信息是从许多随机取向的小晶体中获得的）相比，SC-XRD通过实验确定单个晶体的结构信息，从而产生更详细、更精确的表示。

1912年，劳厄、弗里德里希和克尼平为单晶X射线衍射（SC-XRD）奠定了实验基础。仅仅一年后，威廉·劳伦斯·布拉格在其父威廉·亨利·布拉格的协助下，从他们的实验结果中推导出布拉格定律，由此开启了现代晶体学的发展。他们利用X射线测定晶体结构的工作为他们赢得了1915年诺贝尔物理学奖。如今，单晶X射线衍射被认为是表征所有晶体材料结构的黄金标准。图1展示了一个衍射图谱。

图 1.单晶衍射图（本例中为电子衍射图）

二、原理

晶体中的衍射和散射

波动性是所有衍射现象的基础。当电磁辐射（如X射线） 遇到晶体中的原子时，入射波会诱导原子中的电子发生受迫振动，从而以球面波的形式相干散射出相同波长的辐射。因此，当存在两个或多个散射中心（即原子中的电子云）时，从它们发出的球面波会相互干涉。最终的干涉图样取决于辐射的波长、散射中心之间的距离以及它们的相对空间排列。

干涉本质上是波的叠加：波可以相互增强（相长干涉），相互抵消（相消干涉），或者产生介于两者之间的强度。

图 2.一维衍射光栅

图 3.二维衍射光栅

晶体对X射线的衍射可以通过将其与衍射光栅进行比较来理解。

一维光栅具有等间距的平行狭缝，由于多光束干涉而产生极大值和极小值图案，其衍射图案如图2所示。

二维光栅产生更复杂的图案，反映了两组刻线之间的间距，其衍射图案如图3所示。

晶体是散射中心（即原子中的电子云）的三维周期性阵列，其衍射图样如图4所示。

图 4. 使用 CrysTBox 模拟的镁在不同晶体取向下的衍射图

实空间与倒易空间的关系

波干涉的一个重要结果是衍射极大值的间距与散射中心之间的间距成反比。在晶体衍射中，该间距特指晶面间距 d。具体来说：

• 晶面间距过小（即散射中心层密集）会产生衍射斑点间距过大的情况。
• 晶面间距过大则会导致衍射斑点间距过小。

上述反比关系构成了倒易晶格概念的基础。因此，观察到的衍射图样是晶体结构在倒易空间中的表示，而不是晶体结构的直接图像。

布拉格定律和可观测衍射的条件

图5. 相距d的两个平面上反射的X射线，在一定入射角下发生相长干涉（布拉格定律）

要观察到衍射现象，入射辐射的波长必须与晶面间距 d 相当。这直接源于布拉格定律所表达的干涉条件：

nλ=2dsin⁡θ

其中 d 表示晶面间距。

对于晶体固体，平均原子间距约为1–3 Å (10-10 m)。如果波长 λ 与 d 相当，那么对于实验上可及的角度（即 sin⁡θ≤1），布拉格条件就可以得到满足。在这些条件下，相长干涉会产生明显的衍射极大值，这可以通过实验观察到。

对于波长较长的光，例如可见光（400–700 nm），由于 λ≫d ，布拉格条件无法在任何角度下满足（因为sin⁡θ=nλ/(2d)>1），因此不会产生衍射极大值，也就无法获得原子尺度的周期性信息。

另一方面，如果波长远小于原子间距（λ≪d），衍射极大值将位于非常小的角度间隔处。同时，随着散射矢量幅值的增大，原子散射因子减小，散射强度将显著降低。可检测的衍射信号减弱，不再对电子密度的空间分布敏感。

衍射实验使用一个特征分辨率来评估晶体结构，其近似公式为：

分辨率∼λ2sinθ

因此，虽然更短的波长能提供更高的空间分辨率，但这些波长需要与原子间距相当，才能产生实验可测量的干涉现象。

在威廉·康拉德·伦琴于1895年发现X射线之后，很快在1912年由马克斯·冯·劳厄通过衍射实验证实，X射线非常适合用于晶体结构的研究，因为其波长（0.5 - 1.5 埃）与晶体中原子之间的间距相匹配。

三、倒易空间和衍射图样

倒易晶格

图 6.实空间布拉维晶格与倒易晶格的几何关系。

倒易点阵是一种数学构造，它提供了一种便捷的方法来描述和解释衍射图样，尤其是在单晶X射线衍射（SC-XRD）中。由于衍射数据是以离散斑点的形式收集的，而不是晶体的直接图像，倒易点阵可以将这些信息表示在一个更容易与底层结构关联的空间中。

从数学角度来看，倒易点阵可以理解为实空间点阵的傅里叶变换，这意味着它用不同的表示形式编码了相同的结构信息。

对于一组由米勒指数 (hkl)标定的晶面，可以定义一个垂直于这些晶面的倒易矢量 ghklghkl。如果晶面间距为

，那么倒易空间中该矢量的长度由下式给出（晶体学常用定义）：

倒易晶格的一个重要特征是其点呈周期性均匀分布，形成类似于实空间点阵的周期性阵列。两者之间满足反比关系：

• 实空间中的大晶面间距对应倒易空间中的小倒易矢量长度。
• 实空间中的小晶面间距对应倒易空间中的大倒易矢量长度。
• 换句话说，实空间中很大的晶面间距，在倒易空间中会表现为很小的距离，反之亦然。

通过单晶X射线衍射实验测量倒易晶格（即记录衍射斑点的位置与强度），可以确定晶体中原子的三维排列。

结构因子

倒易晶格决定衍射斑点的位置，而衍射斑点的强度则取决于结构因子。因此，结构因子是观测到的衍射图样与晶胞内电子分布（进而与原子位置）之间的关键联系。

在单晶X射线衍射（SC-XRD）实验中，探测器会测量每个衍射峰（hklhkl）的强度。要确定晶体结构，需要知道实空间中的电子密度。结构因子通过描述晶胞中原子对X射线的散射以及这些散射X射线之间的干涉（从而产生观测到的衍射峰）来关联这两个量。

从数学角度来看，结构因子由下式给出（忽略温度因子等修正）：

因此，当原子散射波发生相长干涉时，衍射强度很强；当发生相消干涉时，强度很弱或不存在。

一个重要的结论是，即使晶格（以及反射位置）相同，不同的原子排列也会产生截然不同的强度分布。这就是为什么强度数据对于解析晶体结构至关重要。

然而，只有强度是通过实验测量的，而结构因子的相位的相位丢失了。这就是所谓的相位问题，它是晶体学中的一个核心挑战。

四、实验步骤

单晶X射线衍射分析需要高质量的单晶作为起点。整个过程可分为三个阶段：晶体生长与筛选、数据采集和数据分析。

晶体生长、筛选和镶嵌

根据化合物的不同，可以使用多种方法生长晶体，包括但不限于溶液沉淀法和升华法。

用于单晶X射线衍射（SC‑XRD）的理想晶体直径通常在0.05 mm至0.3 mm之间[6]，这样晶体可以基本处于X射线束的照射范围内（或充分覆盖束斑），从而获得均匀照射；如果生长出的晶体较大，则可以通过修整来控制。晶体的选择在偏振光辅助显微镜下进行；由于大多数晶体具有双折射性质，当在带有偏振滤光片的显微镜下旋转晶体时，晶体会在明暗之间变化。这使得我们可以评估晶体的质量，因为此时可以检查晶体是否存在裂纹、任何不规则的形貌，以及是否存在两个或多个晶体共生的情况。需要区分的是：如果这些晶体按照特定的取向关系规则连生，则称为“孪晶”（twinning）；如果只是随机取向的聚合，则不属于孪晶，而是一般意义上的多晶共生。

选定合适的晶体后，必须将其安装到测角仪的中心。这主要有两种方法可以实现：

• 将晶体粘到一小根衍射能力较弱的非晶态材料棒上；
• 将其安装在极薄壁的毛细玻璃管中。

如果样品由敏感材料组成，则上述过程可以在无空气的情况下进行，然后用小火焰密封毛细管。

在进行全面数据采集之前，可以先记录一些初步衍射图像，以评估晶体的质量和衍射强度。这将确保晶体适用，并优化数据采集流程。

晶胞指标测定

收集到初始衍射图像后，对衍射斑点进行标定，即将每个衍射斑点赋予米勒指数（hkl）。由此可以确定晶胞尺寸以及晶体相对于X射线束的取向。

理想情况下，所有衍射峰都对应于同一个晶格。然而，如果存在多个晶格，则晶体可能存在孪晶，这会使分析更加困难和/或限制分析的进行。

在这一阶段获得的晶胞参数可用于估算晶体密度等性质，并验证所选晶体是否与预期化合物相符。

数据收集

一旦确定了晶胞和对称性，就可以收集完整的数据集。衍射图的对称性决定了哪些反射是唯一的，哪些是等效的，从而可以优化实验。

在数据采集过程中，通过在X射线束中旋转晶体，使其在一定角度范围内转动，来记录一系列衍射图像。现代面探测器可以同时快速采集大量的反射。

通常，对于特定的晶体，会选择一个最大衍射角以获得足够分辨率的晶胞结构，该衍射角取决于X射线的波长和晶体的质量。理论上，衍射角越大，晶体结构晶胞的分辨率就越高；但实际上，可测量的范围受限于衍射信号的强度。

数据处理和结构确定

收集数据后，必须对其进行处理和分析，才能获得晶体的结构。

数据处理的第一步是数据还原（也称为数据积分），即从获得的原始衍射图像中提取反射强度。由于反射峰具有有限的宽度，因此可以通过对探测器区域进行积分来获得其强度。

然后进行修正以考虑实验效应，包括：

• 背景减除
• 晶体的吸收
• 探测器和几何效应（例如，洛伦兹校正和偏振校正）

等效反射被合并，数据被简化为一组米勒指数（hkl）及其相应的强度。

接下来，通过确定空间群来确定晶体的对称性。这可以通过分析反射之间的对称关系并识别系统性消光（即强度为零的反射）来实现，这些系统性消光是由滑移面和螺旋轴等对称元素引起的。

相问题和结构解决方案

如结构因子部分所述，实验中只能测量反射强度，而相位信息则会丢失。由于电子密度的重建需要振幅和相位信息，因此相位信息的缺失构成了晶体学分析的核心挑战。因此，结构测定的一个重要部分是利用计算方法估算这些相位。

目前，有三种方法用于解决衍射数据集[6]：

• 直接法：利用反射之间的统计关系来估计相位
• 帕特森法：识别原子间矢量，通常用于定位重原子
• 电荷翻转方法：利用傅里叶变换迭代细化电子密度

通过这些方法，可以确定某些原子的位置，并利用这些原子位置计算出相应的结构因子相位。

电子密度和傅里叶图

一旦获得近似相位，就可以使用结构因子的逆傅里叶变换来计算每个点 (x,y,z)处的电子密度：

这一步骤将倒易空间中的衍射数据转换回实空间，从而得到三维电子密度图，从中可以确定原子位置。差傅里叶图（difference Fourier map，即描绘已定位原子的实验密度与理论密度之差的图）可用于找出任何缺失的原子，因为它们突出显示了未被解释的电子密度区域。[6]

然而，像氢这样的轻原子通常很难被探测到，因此根据化学考虑，它们被放置在理想化的位置上。

结构精修

首先，通过调整原子位置和位移参数来改进初始结构模型，使其与观测到的衍射数据达到最佳匹配。这通常采用最小二乘法进行改进。

原子运动采用位移参数进行建模：

• 各向同性（球面近似）
• 各向异性（椭球形，更准确）

继续进行优化，直到达到收敛状态，并且不再存在明显的无法解释的电子密度。

最终结构

最终结果包括晶胞内的原子坐标及其相关的不确定性。由此可以确定化学相关参数，例如键长、键角和分子间相互作用。

然后可以将所得结构可视化、解释，并将其存入无机晶体结构数据库（ICSD）等结构数据库中。

局限性和误差来源

虽然单晶X射线衍射是一种功能强大且应用广泛的技术，具有优异的性能，但它也存在许多局限性和潜在的误差来源，这可能会影响所得结构的准确性。

晶体的质量对最终结果有很大影响。晶体中存在的任何缺陷，例如孪晶、无序和/或裂纹，都会导致难以从该数据集中获得准确的结果。晶体质量差甚至可能导致无法完全确定晶体结构。

此外，如前所述，相位问题是衍射方法的一个根本局限性。由于相位不能直接获得，而必须通过计算方法进行估计，因此在识别结构时会引入误差和不确定性，特别是对于复杂结构而言。

此外，X射线与电子密度相互作用，电子密度低的原子（例如氢原子）散射较弱，通常无法在数据中直接观测到。因此，在精修过程中，此类原子的位置会被理想化或受到约束，这是该方法的一个局限性。另外，原子运动，尤其是在较高温度下，会使电子密度模糊，从而更难确定精确的原子位置。如果存在结构无序，即原子占据多个位置，则会进一步增加解释的复杂性。

测得的强度可能还会受到仪器因素的影响，例如探测器灵敏度和光束不稳定性，以及晶体对X射线的吸收。尽管已采取校正措施来减少系统误差，但仍可能存在残余误差。

此外，数据收集速度相对较慢，通常需要 24 至 72 小时。

最后，数据的分辨率受到X射线波长、最大可测量衍射角和晶体质量等因素的限制。分辨率越低，能够可靠确定的结构细节就越少，这意味着识别出正确结构的可能性就越小。

五、应用

SC-XRD 被广泛用于测定晶体的原子级结构。SC-XRD 能够提供晶体的键长、键角和分子几何结构的精确信息，使其成为确认无机、有机和有机金属化学中分子结构的重要工具。

在材料科学中，单晶X射线衍射(SC-XRD)是一种用于表征晶体固体（例如配位化合物和多孔框架）的工具。了解晶体的堆积方式、对称性以及分子间相互作用是理解材料性质的重要因素。例如，SC-XRD 一直是测定晶体三维连通性以及金属-有机框架（MOF）孔径的重要工具，而这些特性直接影响这些材料的气体储存和吸附能力。

在药物化学领域，单晶X射线衍射(SC-XRD)被广泛用于鉴定活性药物成分的不同晶型，并提供有关其稳定性、溶解度和生物利用度的重要信息。此外，SC-XRD 通过鉴定蛋白质和其他生物大分子的三维结构，对结构生物学做出了重要贡献。通过了解蛋白质或生物大分子的结构，可以深入了解其生物学功能。这些信息还有助于基于生物大分子结构进行药物设计。

六、案例研究：金属-有机框架（MOF）的结构测定

体现 SC-XRD 重要意义的一个关键例子是 MOF-5 的表征。Yaghi 等人在报道中指出，SC-XRD 在建立多孔晶体的三维框架结构方面发挥了重要作用。

图 8. MOF-5 的晶体结构。

对 MOF-5 的单晶 X 射线衍射（SC-XRD）分析表明，它由 Zn₄O 簇单元组成，这些单元通过 1,4-苯二甲酸（BDC）连接基团相互连接，形成三维立方框架。所获数据构建了精确的三维模型，揭示了四面体 Zn₄O 簇单元的原子位置及其连接方式，进而形成具有较大内部空腔的连续网络（如图 8 所示）。此外，SC-XRD 显示，即使在去除客体溶剂分子并加热后，该框架仍保持结晶状态，证实了框架结构的完整性。

仅靠 PXRD 无法确定原子的精确位置、原子之间的连接方式、孔隙大小以及框架的稳定性等结构细节。SC-XRD 提供了必要的数据，不仅用于确定 MOF 的结构，还用于揭示与该材料相关的关键性质，例如其高孔隙率及其在气体存储应用中的适用性。