7、使用蛋白质数据银行（PDB）进行生物信息学分析

使用蛋白质数据银行（PDB）进行生物信息学分析

1. 在多个数据库中查找蛋白质

在生物信息学研究中，查找特定蛋白质是一项基本任务。为了帮助大家掌握这一技能，本文将详细介绍如何在多个数据库中定位特定蛋白质。我们将使用UniProt数据库作为示例，因为它是一个广泛使用的蛋白质信息资源。

如何操作…

1. 定义一个函数来执行对UniProt的REST查询

首先，我们需要定义一个函数来执行REST查询，以便从UniProt数据库中获取所需信息。

```python
import requests

def do_request(server, ID=’‘, **kwargs):
params = ‘’
req = requests.get(f’{server}/{ID}{params}’, params=kwargs)
if not req.ok:
req.raise_for_status()
return req
```

2. 查询所有已审核的基因

接下来，我们将查询所有已被审核的p53基因，并请求所有经过审核（手动整理）的条目。输出将以表格格式呈现，我们将请求最多50个结果，并指定所需的列。

python server = 'http://www.uniprot.org/uniprot' req = do_request(server, que