Mac系统中 postgresql 数据库的安装以及配置RDKit扩展

原创已于 2024-10-22 17:10:49 修改 · 1.7k 阅读

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于 2024-10-22 17:03:55 首次发布

一、介绍

1、postgresql数据库

PostgreSQL是一种特性非常齐全的自由软件的对象-关系型数据库管理系统（ORDBMS），是以加州大学计算机系开发的POSTGRES，4.2版本为基础的对象关系型数据库管理系统。POSTGRES的许多领先概念只是在比较迟的时候才出现在商业网站数据库中。PostgreSQL支持大部分的SQL标准并且提供了很多其他现代特性，如复杂查询、外键、触发器、视图、事务完整性、多版本并发控制等。同样，PostgreSQL也可以用许多方法扩展，例如通过增加新的数据类型、函数、操作符、聚集函数、索引方法、过程语言等。另外，因为许可证的灵活，任何人都可以以任何目的免费使用、修改和分发PostgreSQL。

2、RDKit

RDKit 是一款开源的化学信息学python工具包，十分常用，基于对化合物2D和3D分子操作，利用机器学习方法进行化合物描述符生成，fingerprint生成，化合物结构相似性计算，2D和3D分子展示等。基于PYTHON语言进行调取使用，开发者又将这些计算操作整合到了数据库postgres里面，即The RDKit database cartridge，这款数据库内置了许多RDKit函数，很方便进行大量数据的子结构、相似结构的查找，以及数据管理，借助postgres的适配性，可以将这款数据库接入到众多web项目当中。

二、安装

1、postgresql安装

conda安装

在anaconda中可以看出下载量极高，使用命令安装：

#安装命令
conda install conda-forge::postgresql

#构建数据库存放文件夹
makedir  pgsql/data

#初始化文件夹
initdb  pgsql/data

#创建数据库
pg_ctl -D pgsql/data -l logfile start

官网下载安装包安装

官网链接：PostgreSQL: Downloads

下载后按照指引安装，安装后程序包中有pgAdmin 4 程序，可以通过其进行使用后者在终端中使用。

2、RDKit安装

RDKit（帮助文档）有一个postgresql的配置版本rdkit-postgresql，推荐使用conda中的conda-forge源安装rdkit-postgresql（2024.09.1版本），如果电脑中没有安装postgresql16的话，会默认同时安装。

#安装命令
conda install conda-forge::rdkit-postgresql

注意：该软件我在安装时出现了一些问题，我发现conda安装的软件不一定就是跟系统匹配的，比如我的电脑是os-arm64，从下边安装的步骤中可以看出，安装的版本是osx-64，而不是osx-arm64，这样虽然也能安装成功，但是配置的时候会出现错误（have 'x86_64', need 'arm64'）

#报错信息：
ERROR: could not load library "/Library/PostgreSQL/16/lib/postgresql/rdkit.dylib": dlopen(/Library/PostgreSQL/16/lib/postgresql/rdkit.dylib, 0x000A): Library not loaded: @rpath/libRDKitAvalonLib.1.dylib Referenced from: <B12B2D26-5886-3473-A0B7-0E5A2A8E8C4F> /Library/PostgreSQL/16/lib/postgresql/rdkit.dylib Reason: tried: '/Library/PostgreSQL/16/lib/postgresql/libRDKitAvalonLib.1.dylib' (mach-o file, but is an incompatible architecture (have 'x86_64', need 'arm64')), '/Library/PostgreSQL/16/lib/postgresql/libRDKitAvalonLib.1.dylib' (mach-o file, but is an incompatible architecture (have 'x86_64', need 'arm64')), '/usr/lib/libRDKitAvalonLib.1.dylib' (no such file, not in dyld cache)

所以为了避免这个问题，我推荐使用强制版本安装，但是这里强制安装出现错误

#强制指定osx-arm64版本 
CONDA_SUBDIR=osx-arm64 conda install conda-forge::rdkit-postgresql

Channels:
 - conda-forge
 - bioconda
 - defaults
Platform: osx-arm64
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed

InvalidSpec: The package "conda-forge/osx-64::python_abi==3.11=2_cp311" is not available for the specified platform

#该报错信息表示你在一个不兼容的平台上尝试安装 conda-forge 的包，可能是因为环境没有正确指定为 osx-arm64
#这里推荐重新配置一个新的环境来安装
conda create --name rdkit-psql python=3.11 --platform osx-arm64
conda activate rdkit-psql

#再次强制安装
CONDA_SUBDIR=osx-arm64 conda install conda-forge::rdkit-postgresql

这里仍然出现报错，报错信息表明你尝试安装的 rdkit-postgresql 包依赖于 macOS 版本大于或等于 11.0，当前环境可能未满足这个条件。

通过 sw_vers 命令查看版本，显示没有问题，选择使用mamba软件来解决依赖问题。它通常会更快并能更好地处理复杂的依赖关系。

#安装mamba来解决依赖问题，它通常会更快并能更好地处理复杂的依赖关系
conda install mamba -n base -c conda-forge

#使用其进行安装
mamba install -c conda-forge rdkit-postgresql

成功安装！

三、配置文件

1、配置文件

将rdkit-postgressql的配置文件复制到postgres数据库的依赖中，这样postgresql就能加载该扩展

不管是编译安装、conda安装、或者是docker，配置的目的都是让postgresql能够识别到你安装的rdkit 软件。

（不选择软连接的原因是我通过软链接时，postgresql没有权限读取文件，可能是因为我的数据库用户名是postgres）

#配置文件1
sudo cp /Users/lab_wang/miniconda3/envs/rdkit-psql/lib/* /Library/PostgreSQL/16/lib/postgresql

#配置文件2
sudo cp /Users/lab_wang/miniconda3/envs/rdkit-psql/share/extension/* /Library/PostgreSQL/16/share/postgresql/extension