#AMBER 分子动力学软件Amber18介绍与基础教程(持续更新)

Amber是由多模块所组成的分子动力学软件,其工作流主要如下:

其中又分为:

1.系统预处理预处理(pdb预处理,LEAP,antechamber和gaff等)

2.运行动力学模拟(sander,pmemd等)

3.结果分析(mdout_analyzer.py,MMPBSA,cpptraj,FEW等)

1.系统预处理:

> 首先,进行分子动力学模拟我们需要对手中的pdb格式的3D蛋白质,核酸或者小分子配体,进行预先处理,使得其能够成为amber可识别可操作的形式,并解决其中的错误

一.蛋白质处理:

蛋白质主要存在的问题有:
非必要结构: (1)非必须的水分子 (2) 配体
结构的不完整: (1)结构片段缺失(尤其loop);(2)残基结构不完整甚至出错;(3)二硫键问题.
很多软件多提供了自动处理蛋白结构的功能:如Schrodinger的Protein Preparation Wizard,MOE的Automated Structure Preparation等.
我于此篇文章中写了如何用MOE处理蛋白

二.小分子处理:

小分子参数化的关键程序是Ambertools里的antechamber 会自动计算小分子的属性并获得参数,并处理小分子解决如下问题
Antechamber时, 你可能解决以下问题:

1. 自动识别化学键以及原子类型
2. 判断原子等价性
3. 生成残基拓扑文件
4. 发现缺失的力场参数并提供合理的建议值
结合自带的GAFF 立场和parmchk程序 最终生成正确的LEAP可识别的 fcmod参数文件和mol2文件
详细的使用请参照此教程:Amber基础教程B4：使用antechamber和GAFF模拟药物分子

三.读取处理好了的蛋白文件以生成amber可识别的 prmtop和inpcrd文件(坐标和轨迹文件)

涉及tleap的使用:

 tleap   #打开tleap
 source oldff/leaprc.ff03 #读取蛋白立场文件 
 mol =loadpdb protein.pdb #读取pdb文件
 solvatebox mol TIP3PBOX 12.0 #为蛋白质添加水盒子(模拟体内的真实环境)
 charge mol  #计算电荷
 addions comp Cl- 7  # 分子模拟需要电中性,阳则补CL-例子,阴性则补Na+离子
 aveamberparm mol mol.prmtop mol.inpcrd #保存蛋白的坐标文件和轨迹文件

三.读取小分子参数文件(fcmod):

 tleap   #打开tleap
 source leaprc.gaff #读取小分子立场文件 
 lig=loadmol2 ligand.mol2 #读取antechamber生成的小分子mol2文件
 aveamberparm lig ligand.prmtop ligand.inpcrd #保存小分子的坐标文件和轨迹文件

上述的LEAP 都可以先写入tleap.in文件再执行

2运行分子动力学模拟:

首先需要的输入文件有

1. 最小化文件 min.in

2. 加热文件 heat.in

3. 平衡文件 density.in