StringTie转录本组装-CSDN博客

StringTie 是一种快速高效的将 RNA-Seq 比对到潜在转录本的组装器。它使用新的网络流算法以及可选的从头组装步骤来组装和定量代表每个基因位点的多个剪接变体的全长转录本。它的输入不仅可以包括其他转录组装器也可以使用的短读取比对，还可以包括从这些读取组装的较长序列的比对。为了识别实验之间的差异表达基因，StringTie 的输出可以通过专门的软件如 Ballgown、Cuffdiff 或其他程序（DESeq2、edgeR 等）进行处理。

下载与安装

源码安装

wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-2.2.1.tar.gz
tar -zxvf stringtie-2.2.1.tar.gz
cd stringtie-VER
make release

github安装

git clone https://github.com/gpertea/stringtie
cd stringtie
make release

conda安装（推荐）省时省力

conda install stringtie -c bioconda

用法详解

stringtie基本用法：stringtie <aligned_reads.bam> [options]*

StringTie v1.3.3b usage:
 stringtie <input.bam ..> [-G <guide_gff>] [-l <label>] [-o <out_gtf>] [-p <cpus>]
  [-v] [-a <min_anchor_len>] [-m <min_tlen>] [-j <min_anchor_cov>] [-f <min_iso>]
  [-C <coverage_file_name>] [-c <min_bundle_cov>] [-g <bdist>] [-u]
  [-e] [-x <seqid,..>] [-A <gene_abund.out