
实验室机器人技术的启发式方法及其未来走向
本文需与很多人交流,以下是为本文贡献想法的人员名单(希望没有遗漏),排名随机:Lachlan Munroe(DTU Biosustain 自动化主管)、Max Hodak(Science 首席执行官,前 Transcriptic 创始人)、D.J. Kleinbaum(Emerald Cloud Labs 首席执行官)、Keoni Gandall(前 Trilobio 创始人)、Cristian Ponce(Tetsuwan Scientific 首席执行官)、Brontë Kolar(Zeon Systems 首席执行官)、Jason Kelly(Ginkgo Bioworks 首席执行官)、Jun Axup Penman(E11 Bio 首席运营官)、Nish Bhat(现任风险投资人,前 Color 联合创始人)、Amulya Garimella(麻省理工学院博士生)、Shelby Newsad(Compound 风险投资人)、Michelle Lee(Medra 首席执行官)、Charles Yang(Renaissance Philanthropy 研究员)、Chase Armer(哥伦比亚大学博士生)、Ben Ray(现任创始人,前 Retro Biosciences 自动化工程师)以及 Jake Feala(Flagship Pioneering 创业项目负责人)。
文章结构
1. 引言
2. 实验室机器人技术的启发式方法
1. 有箱式机器人,也有臂式机器人
2. 大多数实验室实验方案都可以自动化,但往往不值得这么做
3. 可以通过改进转换层、硬件层或智能层来提升实验室机器人技术
4. 所有道路都通向 Transcriptic
3. 结论
引言
我从未在湿实验室工作过,最接近的经历是本科第一学期,在神经刺激研究小组待了 4 个月。每天早上 9 点,我起床走到实验室,将电线插入大鼠脑部手术植入端口,该端口连接环绕其迷走神经的金属环,然后把大鼠放入斯金纳箱。接下来几小时,大鼠被迫区分十几种不同声音,同时神经受电击。虽据说这对大鼠不痛苦,但它们显然对处境不满意。当一只异常好动的大鼠扯出头骨上的端口系统后,我在实验室的工作结束了。
这段经历糟糕,且不能等同于真正的湿实验室工作,因为没让我学会 r/labrats 子版块常用行话。我提及缺乏相关背景,是因这对理解实验室自动化领域不利,我容易被误导。
在生物学其他领域,我已建立思维框架,能对神经技术、毒理学预测等领域的夸大说法保持警惕。但实验室机器人技术让我摸不着头脑,因理解它需了解实验室实际情况,而我并不了解。
缺乏实际知识,我就像乡村集市上的乡巴佬,易被推销员的神奇盒子吸引。人们展示机器人忙碌场景,我会惊叹,但也意识到自己易被误导,所以一直避免发表看法。这篇文章是我弥补不足的尝试,将为你解释通过与该领域许多人交流获得的启发式方法,虽不全面,但涵盖了一些主流观点。
实验室机器人技术的启发式方法
有箱式机器人,也有臂式机器人
这部分内容可能显而易见,但为后续文章打下基础。若你对实验室自动化领域已有大致了解,可跳过。
自动化领域存在箱式设备,它们是“成熟技术”,早已成为许多实验室的标配。以液体处理仪为例,它能将液体从一个地方转移到另一个地方,可精确重复操作,而人类手动操作易厌烦。这些操作需编程,虽麻烦,但编写好脚本后可完美运行。
一台价值 4 万至 10 万美元的液体处理仪通常被称为 “Hamilton”。液体在生物学中很重要,以药物筛选实验为例,若手动操作易出错,而自动化在这种情况下可能有用。
还有许多其他类型的箱式设备,如自动染色仪、酶标仪等。箱式设备可以嵌套,代表了实验室工作流程的清晰部分,是可参数化任务的横截面。许多公司生产箱式设备,说明其生态系统已成熟、整合且稳定。
然而,箱式设备存在问题,它们与外界隔绝,每个箱式设备像孤岛,对周围环境一无所知。这会限制“自动化实验室”的生产力,一个实际实验需一系列箱式设备组合,必须有人或物在它们之间转移材料。
扩展箱式设备会陷入复杂境地,这时可考虑用机器人中介连接箱式设备,于是我们独立发明了实验室机器人技术研究中的“臂式”路线。用臂式机器人和调度软件连接多个箱式设备产生的系统通常被称为“工作单元”。
臂式机器人受益于多个行业的联合研发努力,其底层硬件正在得到改进。实验室自动化领域常用的 UR5 臂式机器人,有 6 个自由度,工作半径约 850 毫米,负载能力 5 千克,价格在 2.5 万至 3.5 万美元之间。给它装上必要夹具,能实现多种功能,想象空间很大。
但如果这一切可行,为什么实验室还有人类呢?为什么不把所有工作都外包给机器人手臂和箱式设备呢?
大多数实验室实验方案都可以自动化,但往往不值得这么做
与大语言模型讨论实验室机器人技术,会发现它们对该行业悲观,我认同这一观点,因为与我看到的情况相符。例如,在资金雄厚的生物初创公司实验室,常出现有巨大液体处理仪却没人使用的情况。
使用液体处理仪过程复杂,需定义实验方案、液体类别,进行实际物理设置,且机器可能出现故障。Hamilton 公司提供相关研讨会,费用在 3500 至 5000 美元之间。
与手动移液相比,使用液体处理仪很麻烦。手动移液时,训练有素的研究人员操作可能只需 15 秒,召集足够多研究人员可提高工作效率,很多时候这是更有效、经济的选择。
但如果一项任务值得自动化,实现起来并不困难。与自动化工程师交流可知,普通湿实验室中的几乎所有工作都可能实现自动化,调整实验方案通常是“几个小时内可以解决”的问题,处理奇怪实验方案可能需几周。
问题在于,大多数实验方案的运行次数不足以证明前期投入的合理性。假设一名自动化工程师调整新实验方案需 40 小时,每小时综合成本 100 美元,若运行 1 万次,每次成本仅 0.4 美元;若只运行 50 次,每次设置成本达 80 美元,这时人工完成更合适。
大多数实验室中的大多数实验方案属于运行次数少的情况,研究本质是探索性的,很多研究团队的实验种类繁多或工作是迭代式的。那么,如何实现高度自动化的世界呢?
可以通过改进转换层、硬件层或智能层来提升实验室机器人技术
对于该领域的人来说,答案是降低与机器人系统交互的启动成本,但对于如何实现,人们观点不同,形成了三个思想阵营。
第一个阵营提出在人类需求和机器能力之间创建更好的转换层,有 Synthace、Briefly Bio 和 Tetsuwan Scientific 三家初创公司持有这种观点。Synthace 开发了 Antha 编程语言,用其编写的实验方案可在多种设备上运行;Briefly Bio 最初是科学家和自动化工程师之间的桥梁,后来扩大业务范围;Tetsuwan 抽象层次更高,用户通过描述高级操作定义实验,它会编译成适合机器人运行的代码。
第二个阵营认为物理基础设施很重要,代表公司有 Automata 和 Ginkgo Bioworks。Automata 是垂直整合的实验室自动化平台,其 LINQ 实验台可安装到现有实验室空间;Ginkgo 推广可重构自动化推车(RAC),RAC 最初由 Zymergen 创建,后来被 Ginkgo 收购,Ginkgo 还通过与 OpenAI 合作展示了其以硬件为中心的特点。
第三个阵营认为未来在于为现有系统增加更高程度的智能,相关公司有 Medra 和 Zeon Systems。Medra 认为机器人内置智能可使转换更容易,还能进行错误恢复等;Zeon Systems 认为智能可弥补廉价硬件的不足,让更多实验室负担得起自动化。
哪个阵营是正确的呢?最全面的观点是它们都有道理,成功的公司将是能识别特定时刻对特定客户而言关键限制因素的公司。
转换层阵营处理问题最为务实,能降低自动化实验方案的启动成本。虽然前沿大语言模型可能会带来威胁,但我认为这种情况不会发生。
硬件阵营的产品昂贵、高度垂直整合,虽能为达到规模门槛的组织提供更好的自动化解决方案,但提高了门槛。不过,它们针对的是大型制药公司和工业生物技术集团,从长远看可能间接实现自动化的普及。
智能阵营有独特魅力,其理念有近期和远期版本。近期版本关注感知和错误恢复,似乎接近实现;远期版本更为宏大,但根据交流情况,这个未来还很遥远。
需要注意的是,这些公司并非只坚持一个理念,它们对每个阵营都持开放态度,且几乎都计划最终涉足其他领域。那么,这些公司是如何盈利的呢?
所有道路都通向 Transcriptic
进化生物学中有“蟹化”现象,自然界不断偶然进化出螃蟹。我认为实验室机器人技术领域也有类似现象,每个初创公司都会趋向于相同的模式,即成为 Transcriptic。
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