本文详细介绍了Blast算法的局部比对过程，包括过滤低复杂度和重复片段、seeding策略、搜索与扩展，以及比对结果的评价。重点讲解了各个步骤的原理和参数设置，适合基因组学研究者和工具使用者参考。
第二章 序列比对——Blast局部比对
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主要为基因组测序比对相关知识，部分内容作笔记自查使用。如有错误或遗漏还请海涵，可评论或邮箱联系。
最后修改时间：2020-04-16 16:18:55 星期四
Blast局部比对流程
一、Filtering
【目的】
防止由于低复杂度和重复片段存在，而产生大量有统计学意义，但无生物学实际意义的比对结果
- 低复杂度和重复片段：
{\left( {CA} \right)_n}(CA)n- KLKLKLKLKLKL
【方法】
将查询序列中极低复杂度的片段mask掉
- mask掩码
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