容器化技术有很多,最常用的就是 docker 和 singularity。虽然 docker 使用最广,但docker 必须使用 root 权限才能运行。在 HPC 中,普通用户没有 root 权限,也就无法使用 docker。而singularity 是专为 HPC 设计的,支持无 root 权限运行,避免权限冲突,非常适合生物信息学、科学计算等需要处理敏感数据的 HPC 场景。
singularity 官网官方安装文档:Quick Start — Singularity container 3.5 documentation
官方文档是以 Ubuntu 为例介绍的,我这里以 centos7.9 root 用户为例介绍安装命令。
安装主要分三步:
1 、安装环境依赖
yum update -y
yum groupinstall -y 'Development Tools'
yum install -y
openssl-devel \
libuuid-devel \
libseccomp-devel \
wget \
squashfs-tools\
cryptsetup
2 、安装 go 语言编译环境
因为 singularity 是 go 语言开发的,需要安装 go 对 singularity 的源码进行编译。根据自己的操作系统和 CPU 架构在下载页面(

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