生物信息学操作指南与蛋白质分析

1、以FASTA格式检索大肠杆菌磷酸丙糖异构酶的序列。

• 使用iProClass中的文本搜索，用 磷酸丙糖异构酶 和 大肠杆菌 进行搜索；
• 从显示的结果中选择正确的序列；
• “显示”所选序列；
• 然后点击“保存结果”为FASTA格式。

2、使用 SWISS - PROT/UniProtKB 数据库获取位于外膜的膜蛋白的氨基酸序列。

使用关键词“membrane protein”和位置“outer membrane”进行搜索，点击“下载”并选择格式，约有 500 个匹配结果。

3、查找并存储荚膜红细菌孔蛋白的三维坐标。

在PDB页面顶部使用关键词搜索，选择最佳匹配项（如3POR或2POR），点击“Display files”并选择PDB文本，点击“Download files”保存坐标。

4、获取RNA结合蛋白的PDB代码列表。

使用关键词“RNA - binding proteins”进行搜索。在结果页面，点击“Results ID List”以获取代码列表。

5、获取具有配体且序列同一性低于30%的PDB代码。

该答案不能满足题目要求，输出 DELETE

6、获取序列同一性低于40%的蛋白质结构数据集。

可以从ASTRAL数据库获取序列同一性低于40%的蛋白质结构数据集，ASTRAL数据库提供了两个截断值（序列同一性低于40%和95%）的PDB代码和氨基酸序列，还可选择10% - 100%的截断值，其网址为 http://astral.berkeley.edu/ 。

7、获取序列同一性低于20%的蛋白质结构数据集，可以使用哪些数据库？如何获取？

可以使用ASTRAL数据库，它提供选择从10%到100%的序列同一性截断值的选项，可在 ASTRAL官网 获取。此外，也可使用 PISCES，它能根据特定标准生成非冗余蛋白质列表，用户可以选择序列同一性等条件，其网址为 PISCES官网 ；还可使用 Noguchi 和 Akiyama（2003）开发的数据库，用户有选择任意序列同一性截断值的选项。

8、获取无突变、未与其他分子形成复合物且序列同一性低于25%的非膜蛋白列表。

使用PDB - REPRDB并提供必要条件。

9、在PDBTM数据库中检索具有七个β - 螺旋片段的蛋白质。

在PDBTM中，通过搜索跨膜蛋白类型并选择片段数量进行检索。

10、比较SCOP和CATH数据库中血红素结合蛋白（家族：珠蛋白）及其内容。

在SCOP数据库中为All - Globin like - Globin；
在CATH数据库中为1.10.490.10。

11、分析以下给定序列在“nr”和SWISS - PROT数据库中相似蛋白质的出现情况：序列标识符为>1336093|Genbank|外膜整合膜蛋白|HrcC，后面跟着一长串氨基酸序列。提示：前往BLAST页面输入该序列，在“数据库”选项中选择nr或SWISS - PROT。

前往BLAST页面，输入给定的序列。在“数据库”选项中分别选择：

• nr
• SWISS-PROT

然后运行搜索，以分析相似蛋白质的出现情况。

12、比较PDB编号为1TIM和2BTM的序列。提示：从PDB网站获取FASTA格式的序列。在BLAST中选择“两条序列比对”选项输入序列并分析比对结果。

操作流程

1. 获取FASTA格式序列
   - 从PDB网站获取PDB编号为1TIM和2BTM的序列的FASTA格式。

2. 进行序列比对
   - 在BLAST中使用“两条序列比对”选项。
   - 将获取的两个FASTA格式序列输入进行比对。

3. 分析比对结果
   - 可得到以下信息：

   • 序列同一性 ：以百分比形式呈现。
   • 正匹配情况 ：基于化学行为相似的氨基酸进行判断并显示。

13、对 TIM 桶状蛋白进行多序列比对。

从 CATH 或 SCOP 数据库获取 TIM 桶状蛋白的序列，然后进行多序列比对。

14、对第一条序列的残基保守性进行评价。提示：将多序列比对结果输入到AL2CO服务器中，并讨论保守性得分。

将多序列比对结果输入 AL2CO 服务器后，可根据输出的保守性得分进行判断。
- 高正值 表明残基具有保守性，例如残基 W 的得分是 1.577 ，为高正值，说明该残基具有保守性。
- 低正值或负值 表明残基可能不保守。

可依据此对第一条序列中各残基的保守性进行分析：
- 高正值 ：残基保守
- 低正值或负值 ：残基可能不保守

15、获取序列同一性低于40%的TIM桶蛋白的非冗余序列