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炼金术(chemeia)的历史最早可以追溯到古埃及,大量的文字记载则始于古希腊,这项技艺的早期含义很可能指人类经由某些特定的程式熔化和重铸金属等自然物质的活动。到了希腊化时期,一些炼金术士开始解释金属嬗变的原理:一个事物之所以能够转化为另一个事物,乃因为从根本上讲它们其实是同一个事物。炼金术(al-kimiya)的下一轮发展由中世纪的阿拉伯人完成,在实践领域,他们热衷于炼制此前作为治愈和改善病人身体状况的“药物”,也即此时的“哲人石(philosophers’ stone)”,一种能将贱金属转化为贵金属、治疗疾病的物质——这也是日后培根醉心研究的内容,毕竟它不仅能抵抗生老病死等自然规律,还能为国家甚至科学的伟大复兴提供巨额的资金支持。理论方面的突破则是一个可能存在过的人物贾比尔(Jabir ibn-Hayyan)所总结的汞-硫学说,它的核心观点是,所有金属(有时也包括非金属)都能够通过汞和硫按照固定的数学比率复合或分解得到——这显然受了毕达哥拉斯和亚里士多德的影响。此外,贾比尔试图把握、统一和处理隐藏在可见自然背后之规则和现象的做法,现如今几乎已是所有自然科学的基本特征之一。从以上的叙述我们可以知道,拉丁中世纪以前的炼金术尽管尚未形成一个规范的学说体系,但其看待自然物质的理念却大同小异,他们普遍认为拆分重组由自然微粒构成的原初物质是物质间互相转化的基本原理。这种将自然物质还原成简单微粒的思想将在中世纪被进一步深化,也直接塑造了培根的自然观。
炼金术(alchemia)在中世纪的地位变得颇具争议,相应的学说理论也五花八门,但当时的人们大致都承认盖伯(Gerber)有关“最小自然物(minima naturalia)”的思想,这无疑沿袭了贾比尔的汞-硫理论。他们的分歧在于,炼金术究竟能否制造出与自然物相同的东西,例如通过所谓的哲人石点化而来的“黄金”在最小自然物的层次上是否和实际的黄金种类一样——这关涉到一个极为重要的问题,人造物能胜过自然物吗?进而言之,人类的技艺能胜过神秘的自然吗?根据普林西比的总结,赞成技艺弱于自然、反对发展炼金术的代表人物有伊本·西那(ibn-Sina, 980-1037,此即我们熟知的中世纪亚里士多德主义先驱阿维森纳[Avicenna],因此我们也不难理解阿维森纳的抉择,毕竟亚里士多德明确表示过人工技艺从根本上无法模仿,毋庸说超越自然现象)和罗马的吉莱斯(Giles of Rome, 1243-1316),支持技艺胜过自然、强调推进炼金术的当属那个与培根有着许多相似之处的方济各会修士罗吉尔·培根(Roger Bacon, 1214-1292)。尽管争论双方都有理论和实践方面的依据,但这场角逐的赢家最终还是后者,主要原因是因为炼金术获得象征真理的哲人石的过程与基督教受难救赎的教义极为相似,换言之,炼金术因其神秘性而获得了神圣性,因此得以在欧洲牢固确立。到了中世纪末,与炼金术(chemistry)相关的研究开始爆炸式增长,在无数次的实践探索中也逐渐形成了自己的核心目标:实现金属嬗变,制造更好的药物,在理解物质变化的基础上改善并利用自然物质。17世纪的炼金术士们对物质变化——准确来讲是金属嬗变原因的理解,又可归结为:所有金属(或所有物质)均由一种可以被赋予不同“形式”的共同的“原初质料(materia prima)”构成,它们本身并无任何性质,只提供物质的量,而形式才是它们表现出相异性质的原因,换言之,原初质料是物质得以显现的基础,我们可以赋予它各种不同的形式,从而产生我们需要的物质。