-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 2
/
Copy pathwrapper.py
142 lines (130 loc) · 6.17 KB
/
wrapper.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
__author__ = "Dohoon Lee"
__copyright__ = "Copyright 2019, Dohoon Lee"
__email__ = "[email protected]"
__license__ = "MIT"
import itertools
from os import path, listdir
from snakemake.shell import shell
# Define utility function.
def get_common_prefixes(strings):
all_same = lambda x: all(x[0] == y for y in x)
prefix_tuples = itertools.takewhile(all_same, zip(*strings))
return ''.join(x[0] for x in prefix_tuples).strip('.')
def is_defined_by_user(*params):
extra = snakemake.params.get('extra', '')
for param in params:
if param in extra:
return True
return False
def optionify_params(parameter, option):
"""Return optionified parameter."""
try:
if str(snakemake.params[parameter]) == '':
return ''
if type(snakemake.params[parameter]) == bool:
if snakemake.params[parameter]:
return option
else:
return ''
else:
return option + ' ' + str(snakemake.params[parameter])
except AttributeError:
return ''
# Extract log.
log = snakemake.log_fmt_shell(stdout=False, stderr=True)
# Extract parameters.
extra = snakemake.params.get('extra', '')
user_parameters = []
user_parameters.append(optionify_params('seed', '--seed'))
user_parameters.append(optionify_params('skip', '--skip'))
user_parameters.append(optionify_params('qupto', '--qupto'))
user_parameters.append(optionify_params('trim5', '--trim5'))
user_parameters.append(optionify_params('trim3', '--trim3'))
user_parameters.append(optionify_params('phred33_quals', '--phred33-quals'))
user_parameters.append(optionify_params('phred64_quals', '--phred64-quals'))
user_parameters.append(optionify_params('solexa_quals', '--solexa-quals'))
user_parameters.append(optionify_params('solexa13_quals', '--solexa1.3-quals'))
user_parameters.append(optionify_params('integer_quals', '--integer-quals'))
user_parameters.append(optionify_params('large_index', '--large-index'))
user_parameters.append(optionify_params('v', '-v'))
user_parameters.append(optionify_params('seedmms', '--seedmms'))
user_parameters.append(optionify_params('maqerr', '--maqerr'))
user_parameters.append(optionify_params('seedlen', '--seedlen'))
user_parameters.append(optionify_params('nomaqround', '--nomaqround'))
user_parameters.append(optionify_params('minins', '--minins'))
user_parameters.append(optionify_params('maxins', '--maxins'))
user_parameters.append(optionify_params('fr', '--fr'))
user_parameters.append(optionify_params('rf', '--rf'))
user_parameters.append(optionify_params('ff', '--ff'))
user_parameters.append(optionify_params('nofw', '--nofw'))
user_parameters.append(optionify_params('norc', '--norc'))
user_parameters.append(optionify_params('maxbts', '--maxbts'))
user_parameters.append(optionify_params('pairtries', '--pairtries'))
user_parameters.append(optionify_params('tryhard', '--tryhard'))
user_parameters.append(optionify_params('chunkmbs', '--chunkmbs'))
user_parameters.append(optionify_params('reads_per_batch', '--reads-per-batch'))
user_parameters.append(optionify_params('k', '-k'))
user_parameters.append(optionify_params('all', '--all'))
user_parameters.append(optionify_params('m', '-m'))
user_parameters.append(optionify_params('M', '-M'))
user_parameters.append(optionify_params('best', '--best'))
user_parameters.append(optionify_params('strata', '--strata'))
user_parameters.append(optionify_params('time', '--time'))
user_parameters.append(optionify_params('offbase', '--offbase'))
user_parameters.append(optionify_params('quiet', '--quiet'))
user_parameters.append(optionify_params('refidx', '--refidx'))
user_parameters.append(optionify_params('al', '--al'))
user_parameters.append(optionify_params('un', '--un'))
user_parameters.append(optionify_params('no_unal', '--no-unal'))
user_parameters.append(optionify_params('max', '--max'))
user_parameters.append(optionify_params('suppress', '--suppress'))
user_parameters.append(optionify_params('fullref', '--fullref'))
user_parameters.append(optionify_params('snpphred', '--snpphred'))
user_parameters.append(optionify_params('snpfrac', '--snpfrac'))
user_parameters.append(optionify_params('col_cseq', '--col-cseq'))
user_parameters.append(optionify_params('col_cqual', '--col-cqual'))
user_parameters.append(optionify_params('col_keepends', '--cool-keepends'))
user_parameters.append(optionify_params('sam', '--sam'))
user_parameters.append(optionify_params('mapq', '--mapq'))
user_parameters.append(optionify_params('sam_nohead', '--sam-nohead'))
user_parameters.append(optionify_params('sam_nosq', '--sam-nosq'))
user_parameters.append(optionify_params('sam_rg', '--sam-RG'))
user_parameters.append(optionify_params('offrate', '--offrate'))
user_parameters.append(optionify_params('mm', '--mm'))
user_parameters.append(optionify_params('shmem', '--shmem'))
user_parameters = ' '.join([p for p in user_parameters if p != ''])
# Extract required inputs.
reads = snakemake.input.reads
if len(reads) == 2 and isinstance(reads, list):
read_command = '-1 %s -2 %s' % (reads[0], reads[1])
elif len(reads) == 1 and isinstance(reads, list):
read_command = reads[0]
else:
read_command = reads
index_dir = snakemake.input.index_dir
prefix = get_common_prefixes([f for f in listdir(index_dir) if not f.startswith('.')])
index_command = path.join(index_dir, prefix)
# Extract required outputs.
output = snakemake.output[0]
if output.endswith('.sorted.bam'):
if 'mapq_cutoff' in snakemake.params:
postprocess_command = '| samtools view -bS -q %d - | samtools sort > %s' % (snakemake.params.mapq_cutoff, output)
else:
postprocess_command = '| samtools view -bS - | samtools sort > %s' % (output)
else:
if 'mapq_cutoff' in snakemake.params:
postprocess_command = '| samtools view -bS -q %d - > %s' % (snakemake.params.mapq_cutoff, output)
else:
postprocess_command = '| samtools view -bS - > %s' % (output)
# Execute shell command.
shell(
"("
"bowtie "
"{index_command} "
"{read_command} "
"{extra} "
"{user_parameters} "
"--threads {snakemake.threads} "
"{postprocess_command}) "
"{log}"
)