Pacote: samtools (1.21-1)

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Mantenedores(as):

Fontes externas:

Pagina principal [www.htslib.org]

Pacotes similares:

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c, interface::commandline, Rede: Cliente, Protocolos de rede: FTP, protocol::http, role::program, Alcance: Utilitários, Kit de ferramentas de interface: Ncurses TUI, Propósito: use::analysing, use::calculating, Filtro, Funciona com: Sequência biológica

Outros pacotes relacionados a samtools

depende

recomenda

sugere

melhora

dep: libc6 (>= 2.34)

GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb
dep: libhts3t64 (>= 1.21)

C library for high-throughput sequencing data formats
dep: libncurses6 (>= 6)

bibliotecas compartilhadas para manipulação do terminal
dep: libtinfo6 (>= 6)

biblioteca de terminfo de baixo-nível compartilhada para manipulação de terminal
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [não armel, armhf, i386]

biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, i386]

sug: cwltool

Common Workflow Language reference implementation

Download de samtools

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis
Arquitetura	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	651.5 kB	1,447.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	622.5 kB	1,679.0 kB	[lista de arquivos]
armel	614.7 kB	1,672.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	617.9 kB	1,544.0 kB	[lista de arquivos]
i386	683.3 kB	1,572.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	677.4 kB	1,935.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	657.6 kB	1,299.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	655.9 kB	1,507.0 kB	[lista de arquivos]