Η εφημερίδα Ελευθεροτυπία της 28ης/3/2011 σε πρωτοσέλιδο τίτλο και σε εσωτερικό άρθρο της 5ης σελίδας, εμφάνισε το Πανεπιστήμιο Αιγαίου ως ένα υπό κατάργηση ΑΕΙ στο πλαίσιο σχεδιασμού του Υπουργείου Παιδείας Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων, με στόχο την εξοικονόμηση χρημάτων.
Το Πανεπιστήμιο Αιγαίου δηλώνει εμφατικά και προς κάθε κατεύθυνση ότι ουδέποτε έχει τεθεί από το Υπουργείο το συγκεκριμένο θέμα, ούτε και έχει υπάρξει κανενός είδους διαβούλευση. Συνεπώς, παραδόξως η εφημερίδα δημιουργεί το θέμα, στοχοποιώντας ειδικά τα περιφερειακά ΑΕΙ, μεταξύ των οποίων και το Πανεπιστήμιο Αιγαίου.
