医学影像中用python 将NRRD批量转换成NIFTI

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已于 2023-08-29 10:50:25 修改 · 1.2k 阅读

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于 2023-08-24 21:03:31 首次发布

文章介绍了使用Python和两种方法将NRRD格式的医学图像批量转换为NIFTI，包括3Dslicer/MITK的笨拙方法和SimpleITK的高效解决方案。同时提及了转换过程中遇到的问题，如部分文件尺寸减小和方向变换，并提供了相应的解决思路。

用python 将NRRD批量转换成NIFTI

1 转换代码1：
2 转换代码2：

1 转换代码1：

3D slicer, MITK默认会将医学图像保存为格式为NRRD的图像，但是我们还是习惯于操作NIFTI格式的数据，于是就有了NRRD转换成NIFTI的需求。

之前自己有一个比较笨的方法，就是将NRRD图像导入到MITK软件中，然后再另存成NIFTI的数据。如果数据少，还可以接受。但是当数据比较多时，这种方法过于耗时耗力。
为了解决这个问题，网上搜索了一些解决方案，并将两个代码进行了合并[1]，供使用，具体代码如下。代码中baseDir可以修改成指定的目录，files里面*后面的部分，改为自己匹配的文件名。

import os
from glob import glob
import numpy as np
import vtk

def readnrrd(filename):
    """Read image in nrrd format."""
    reader = vtk.vtkNrrdReader()
    reader.SetFileName(filename)
    reader.Update()
    info = reader.GetInformation()