Trim Galero（学习记录-自用）

———该记录大多参考其他的博客文章，非原创——— 

cutadapt 软件可以对NGS数据进行质量过滤
FastQC 软件可以查看NGS数据的质量分布
trim_galore 将这两个软件封装到一起，使用起来更加方便

主要功能包括两步：
1、第一步 首先去除低质量碱基，然后去除3' 末端的adapter(如果没有指定具体的adapter，程序会自动检测前1million的序列）
2、第二步 对比前12-13bp的序列是否符合以下类型的adapter :

• Illumina: AGATCGGAAGAGC # 如果输入参数 --Illumina,就会默认trimmed前13bp的adapter
• Small RNA: TGGAATTCTCGG # 同上 如果输入参数 --small_rna,就会默认trimmed前12bp的adapter
• Nextera: CTGTCTCTTATA # 同上 如果输入参数 --nextera,就会默认trimmed前12bp的adapter

基本用法：

#对于单端测序数据，基本用法如下
trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq
#其中-a后面可以跟着序列（-a AGATCGGAAGAGC）
#对于双端测序数据，基本用法如下
trim_galore --paired --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC -a2 AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir R1.fq.gz R2.fq.gz

参数说明：

-quality/-q<INT>：设定Phred quality score阈值，默认为Phred 20 切除质量得分低于设定值的序列
--phred33/64：使用ASCII+33/64质量得分作为Phred得分选择-phred33或者-phred64，表示-测序平台使用的Phred quality score。
（需要确认:anger/Illumina 1.9+ encoding为33; Illumina 1.5 encoding为64）
--adapter/-a ：输入adapter序列。也可以不输入，Trim Galore!会自动寻找可能性最高的平台对应的adapter。自动搜选的平台三个，也直接显式输入这三种平台，即--illumina、--nextera和--small_rna。
-s/--stringency<INT>：设定可以忍受的前后adapter重叠的碱基数，默认为1（非常苛刻）。可以适度放宽，因为后一个adapter几乎不可能被测序仪读到。
--length<INT>：设定输出reads长度阈值小于设定值会被抛弃，默认值20bp；即小于20bp的被去除。注意，在pe150下，不要设置太高，可以50或36（默认20）
--max_length : 设置长度大于此值被丢弃
-e <ERROR RATE> ：默认0.1
--paired：对于双端测序结果，一对reads中，如果有一个被剔除，那么另一个会被同样抛弃，而不管是否达到标准。
--retain_unpaired：对于双端测序结果，一对reads中，如果一个read达到标准，但是对应的另一个要被抛弃，达到标准的read会被单独保存为一个文件。
--gzip和--dont_gzip：清洗后的数据zip打包或者不打包。
-o/--output_dir：输入目录  [需要提前建立目录，否则运行会报错]。
-- trim-n : 移除read一端的reads
-j :使用线程数, 注意假设已使用Python 3并安装了Pigz，那么内核设置为4，实际使用内核是15，因此，最高设为4.
--fastqc #当分析结束后，使用默认选项对结果文件进行fastqc分析

安装：

从conda安装

conda install -y trim-galore

从github安装（没用这个）

cd ~/software
wget https://github.com/FelixKrueger/TrimGalore/archive/0.6.2.tar.gz
tar zxvf 0.6.2.tar.gz -C ~/software/
echo 'PATH=$PATH:~/software/TrimGalore-0.6.2/' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

使用：

# 创建trim_galore的文件夹来存储修剪过的
mkdir ~/trim_galore/
# 切换到trim_galore的文件夹
cd ~/trim_galore/
# 将2.raw_fq目录下的fastq文件链接到trim_galore目录下
ln -s ~/raw_fq/*.fastq.gz ~/trim_galore/

# 使用for循环批量生成命令列表，并写入到trim_galore.command文件
for i in `ls *.fastq.gz`
do
i=${i/.fastq.gz/}
echo "trim_galore --paired --quality 20 --length 20 -o out_dir ${i}_1.fastq.gz ${i}_2.fastq.gz"
done > trim_galore.command
# 完成fastq文件质量控制后，整合修剪后的质量报告
echo "multiqc ~/trim_galore/*zip -o ~/trim_galore/" >> trim_galore.command
# 检查生成的命令列表是否正确
cat trim_galore.command
# 批量运行质量控制
sh trim_galore.command
# 查看生成的结果
ls -l ~/trim_galore/