全基因组关联分析（GWAS）软件：MAGMA

最新推荐文章于 2026-06-04 17:41:48 发布

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本文介绍了如何使用MAGMA软件进行基因和基因集的关联分析，包括SNP注释、基于基因的GWAS以及基因集分析的步骤，并提供了遇到的‘GLIBCXX_3.4.20’not found问题的解决方法，即检查系统中的libstdc++.so.6版本并更新或通过conda安装高版本。

MAGMA软件被设计用于基于基因的（gene-based)或基因集的（gene-set-based)的关联分析，可以直接找到与目的性状相关的功能基因或功能模块（如基因调控通路等），也有利于发现由多个微效 SNP 关联的基因。
MAGMA 的输入数据可以是原始的基因型数据，也可以是其它关联分析软件的结果（如emmax、gemma等）。

本文用 emmax 的关联分析结果作为输入文件，因为 MAGMA 虽然可以用原始数据进行单位点的关联分析，但是它的运行速度没有 emmax 快。

1. SNP 注释

MAGMA 需要一个 SNP 注释信息文件，内容包括 SNP 位于基因的什么位置。

~/tools/magma --annotate nonhuman window=3,1.5 --snp-loc snp_hardfiltered_biallelic_maf5_ms50_chr_imputated.bim --gene-loc gene_locations.txt --out magma_annotation