全基因组关联分析（GWAS）软件：Tassel5

最新推荐文章于 2026-06-03 12:41:22 发布

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本文介绍使用Tassel5软件进行关联分析的具体步骤，包括计算亲缘关系矩阵(Kinship)及使用混合线性模型(MLM)进行关联分析的方法。文章提供了详细的命令行操作流程，并提及了基因型文件、表型文件和群体结构矩阵的格式要求。

Tassel 是比较经典的关联分析软件，但是因为运行速度没有优势，所以在重测序等数据量比较大的研究中不太常用。这是记录一下Tassel5 命令行进行关联分析的过程。
参考：
Tassel5：https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/Home
MLM：https://bitbucket.org/tasseladmin/tassel-5-source/wiki/UserManual/MLM/MLM

1. 计算kinship

run_pipeline.pl -plink -ped snp.ped -map snp.map -KinshipPlugin -method Centered_IBS -endPlugin -export kinship.txt -exportType SqrMatrix

2. MLM 模型关联分析

tassel.sh

# 表型文件
P=all_pheno.txt
# 群体结构矩阵
Q=Q3.txt
# kinship 矩阵
K=kinship.txt

run_pipeline.pl \
-Xms1g -Xmx10g\
-fork1 -plink -ped snp.ped -map snp.map -FilterSiteBuilderPlugin -siteMinAlleleFreq 0.05 -endPlugin \
-fork2 -importGuess $P \
-fork3 -importGuess $Q -excludeLastTrait