署名文章 | 对桂花AP2/ERFs的比较转录组分析揭示了OfERF017介导的有机酸代谢途径在花衰老中的作用

原创 于 2024-09-29 11:46:41 发布 · 1.3k 阅读 · 8

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  • 发表期刊：Frontiers in plant science

  • 发表日期：2024年9月26日

  • 影响因子：4.1

  • 发表单位：湖北科技学院

研究背景

“玉露沾衣冷，金风拂面凉。桂花香满袖，秋色入诗囊。”桂花，中国十大名花之一，具有独特的香气，被广泛应用于食品添加剂或护肤品中。然而，桂花花期短，最佳采收时间为2-3天，极大地限制了其观赏价值和经济价值。桂花是乙烯敏感花，花的衰老由乙烯应答转录因子(OfERFs)介导。此外，DNA低甲基化也被证明通过乙烯应答途径参与了OfERFs介导的花衰老过程。然而，尚缺乏对桂花OfAP2/ERFs的全基因组见解，其对花衰老的具体调控网络也不清楚。湖北科技学院国家林业草原桂花工程技术研究中心陈洪国教授领衔的桂花研究团队在Friontiers in plant science上发表论文，系统鉴定了‘柳叶金桂’全基因组中的OfAP2/ERF基因，同时利用比较转录组揭示了5’Aza和ETH处理下的OfAP2/ERFs变化及它们可能影响的下游基因和途径，最终发现一个OfERF017通过介导有机酸代谢调控桂花的花衰老。武汉爱基百客生物(Igenebook)作为合作单位，深度参与了此研究工作。

研究路线

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研究结果

01、鉴定桂花中的OfAP2/ERFs

此研究利用基因注释和AP2结构域(PF00847)扫描，从‘柳叶金桂’基因组中鉴定了227个OfAP2/ERF基因。其中，212个成员成功锚定在23条染色体上。从它们的分布来看，部分OfERF基因位置相近(图1)，暗示该基因家族中可能发生过串联重复事件。

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图1. OfAP2/ERFs在桂花23条染色体上的分布

系统发育树分析显示桂花中每个OfAP2/ERFs都可以在拟南芥中找到同源的AtAP2/ERFs(图2A)，它们可进一步分为AP2(35)、DREB(57)、ERF(125)、RAV(6)和Soloist(4)5个亚家族(图2B)。此外，桂花种内及与拟南芥种间均存在大量的基因复制事件，说明桂花AP2/ERFs经历过基因扩张。

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#比较转录组分析 #基因家族分析
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