时空解码：Stereo-seq FFPE技术引领病理学研究新纪元

FFPE样本（Formalin Fixed Paraffin Embedded，简称FFPE），即经过福尔马林固定和石蜡包埋处理的组织样本，是医学研究和临床病理诊断中不可或缺的材料。它们通过固定过程保持组织结构的完整性和形态，允许长期保存，并适用于各种分子和细胞层面的分析，包括组织学染色、免疫组化和基因表达研究。FFPE样本的广泛使用和长期稳定性，为疾病机理研究、生物标志物发现以及临床诊断提供了宝贵的资源。随着空间转录组技术的发展，这些样本的应用范围和科研价值正在不断扩大。

华大时空转录组FFPE技术解决方案，以其全面的Total RNA捕获能力、多样化的样本提交选项和可定制的芯片尺寸，有效地解决了传统FFPE样本在进行时空组学研究时面临的挑战。作为STOmics生态系统的重要合作伙伴，爱基百客引入了STOmics的最新一代产品——Stereo-seq FFPE。现在，让我们深入探索这一技术所展现的卓越性能。

  技术原理  

基于全新探针设计的时空转录组FFPE产品方案，可提供单细胞分辨率的Total RNA空间信息。该方案利用“随机探针”对FFPE样本中组织细胞内的Total RNA分子进行原位捕获，并通过空间条形码（Coordinate ID，CID）还原回空间位置，实现全物种全转录组空间表达图谱的构建，助力临床科研深入理解疾病的发生与发展机制。

产品亮点一：同张切片H&E或细胞核染色

根据研究需求，可选择在同一张组织切片上进行H&E染色或细胞核染色，实现多模态数据获取及融合分析。

产品亮点二：空间单细胞分析

检测分辨率达到500nm，可实现空间单细胞水平分析。

空间单细胞水平分析

支持第三方细胞分割工具，支持任何细胞分割算法的图像结果，接入StereoMap软件联合转录组信息做深度分析

产品亮点三：编码及非编码RNA共捕获

基于随机探针的技术原理，可同时实现mRNA和non-coding RNA的原位捕获。

产品亮点四：宿主和微生物共检测

可同时捕获微生物及其宿主的空间表达信息，进而探究宿主与微生物的互作关系。

图：左：结核杆菌感染小鼠肺空间基因表达热图（Bin50）；右：结核杆菌感染小鼠肺中结核杆菌表达热图（Bin50）

产品亮点五：无物种限制

不仅可以应用于人和小鼠，也可对其他物种样本进行时空组学信息挖掘。

工作流程  

您只需提供石蜡块或者石蜡卷，爱基百客将为您提供从样本质检染色、文库制备、DNBSEQ™测序到数据解读的一站式服务，省心更放心。

图：时空转录组FFPE空间基因表达分析工作流程

 官方测试数据  

适用于DV200>30%的样本，已经测试过11种病理组织、10种小鼠组织和3种非人非鼠组织。

应用方向  

应用案例  

• 文章题目：Molecular, metabolic, and subcellular mapping of the tumor immune microenvironment via 3D targeted and non-targeted multiplex multi-omics analyses

• 发表时间：2024-02-20

• 发表期刊：Cancers

• 主要研究团队：德克萨斯大学安德森癌症中心等

• 主要研究内容：

本文提出了一种集成的空间分辨多组学分析方法，通过结合非靶向质谱成像、Stereo-seq空间转录组学和靶向的seqIF免疫组化技术，对高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）和非典型子宫内膜增生（AEH）的FFPE样本进行了深入研究。该方法能够在三维空间中精确捕获和分析肿瘤微环境中的基因、代谢物、蛋白质表达以及细胞间相互作用，揭示了肿瘤细胞与其邻近细胞和细胞外基质的复杂交互作用。研究成功构建了具有单细胞分辨率的3D时空图谱，不仅增进了对肿瘤微环境异质性的理解，还有助于发现新的预测性生物标志物和治疗靶点。此外，该研究展示了如何将这些高维数据集整合到一个共同的坐标系统中，为未来的临床应用和癌症治疗策略的开发提供了新的视角和科学依据。

图：实验流程图：将厚度为85微米的肿瘤组织分为3层(layers)，在每一层分别使用三种空间组学技术:非靶向质谱成像(包括聚糖、代谢物和肽)、Stereo-seq(时空组学)和靶向seqIF(免疫组化蛋白质组学)分析。并利用Stereo-seq得到的表达矩阵作为多模态数据整合框架，并与MSI和seqIF数据进行对齐，从而完成了多模态数据的整合

图：Stereo-seq分析HGSOC样本的UMAP可视化。研究人员通过对Stereo-seq数据进行聚类分析，发现两个肿瘤样本中存在较高的异质性，而同一个肿瘤组织样本的三个layers间没有明显的批次效应，聚类结果一致性高。

爱基百客Stereo-seq FFPE产品重磅来袭

爱基百客专注于为客户提供尖端的单细胞和空间组学技术解决方案，最新的时空转录组FFPE产品现已开放预售，备受期待。欲了解更多信息，请随时联系我们的销售团队或通过我们的微信公众号与我们互动。

爱基百客承诺以专业的技术专长和周到的服务理念，陪伴您科研的每一步，让探索之旅更加顺畅愉快。我们的团队致力于提供定制化解决方案和个性化支持，让您的研究工作更加高效，享受科学探索的每一刻。

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关于我们

武汉爱基百客生物科技有限公司（简称爱基百客），位于武汉高农生物园，是一家专业提供表观组学科研服务、单细胞与空间组学测序分析和高通量测序分析的新型生物科技服务企业。公司先后引入ChIP、WGBS、ATAC-seq、DNBSEQ-T7、10x Genomics、SeekOne® DD、DNBelabC-TaiM4和Stereo-seq等实验平台，不断提升公司的科研服务能力。

运营至今合作的科研客户超2000家，涵盖国内知名科研院所、高校以及相关生物企业，科研成果曾多次在Science、Cancer Cell、Nature Communications、J HEMATOL ONCOL、Plant Cell 等国际高水平学术期刊发表，受到了客户广泛好评，是国内成长最迅速的高通量测序科研服务企业之一。