Amber续跑

原创已于 2025-03-20 16:03:56 修改 · 773 阅读

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分子模拟

于 2025-03-20 16:02:37 首次发布

Python3.8

Conda

Python

Python 是一种高级、解释型、通用的编程语言，以其简洁易读的语法而闻名，适用于广泛的应用，包括Web开发、数据分析、人工智能和自动化脚本

Amber续跑

1. AMBER续跑

在初始阶段，我们已经完成了20纳秒的分子动力学模拟，并成功生成了complex_ions_md.nc轨迹文件。通过对轨迹文件进行均方根偏差（RMSD）分析，发现体系尚未达到完全的平衡态。为了确保模拟结果的可靠性和体系的充分采样，我们决定继续延长模拟时间80纳秒，以达到总计100纳秒的模拟时长。这个延长的模拟时间将有助于我们获得更加稳定和可靠的构象采样。具体的操作步骤如下所示。

# amber20
source /home/username/software/amber20/amber.sh
export AMBERSOURCE=/home/username/software/amber20_src
# 指定程序可以访问GPU的第二张卡
export CUDA_VISIBLE_DEVICES=2

# 第一次模拟命令, 20ns
pmemd.cuda -O -i md.in -o complex_ions_md.out -p complex_ions.prmtop -c complex_ions_eq.rst -r complex_ions_md.rst -x complex_ions_md.nc

# 续跑100ns
pmemd.cuda -O -i md_80ns.in -o complex_ions_md_80ns.out -p complex_ions.prmtop -c complex_ions_md.rst -r complex_ions_md_80ns.rst -inf complex_ions_md_80ns.mdinfo -x complex_ions_md_80ns.nc

其中complex_ions.prmtop文件是最初的拓扑文件， complex_ions_md.rst是上一步分子动力学模拟（MD）产生的重启文件，其中记录了体系在20纳秒模拟结束时的原子坐标和速度信息。

md_80ns.in的参数设置如下：

explicit solvent production run: 80ns
 &cntrl
  imin=0,
  irest=1,
  ntx=5,
  nstlim=40000000, dt=0.002,
  ntc=2, ntf=2,
  cut=8.0, ntb=2, ntp=1, taup=2.0,
  ntpr=5000, ntwx=5000, ntwr=50000,
  ntt=3, gamma_ln=2.0,
  temp0=300.0, ig=-1,
  iwrap=1
  / 
 END

2. 合并轨迹

完成模拟后，我们将使用AMBER工具包中的cpptraj程序合并两个时间段的轨迹文件，以进行完整的轨迹分析。以下是merge.in参数文件的设置，用于导入20纳秒和80纳秒的轨迹文件，并最终生成100纳秒完整模拟轨迹。

parm complex_ions.prmtop   #加载拓扑文件
trajin complex_ions_md.nc         #导入第一次模拟的20纳秒的轨迹文件
trajin  complex_ions_md_80ns.nc   #导入续跑的80纳秒的轨迹文件

trajout complex_ions_md_100ns.nc  #导出合并后的100纳秒的轨迹文件

# 输出结果
go

执行cpptraj命令：