【R绘图】ggsignif-假设检验

ggsignif - 安装

# 稳定版
install.packages("ggsignif")

# devel版本
devtools::install_github("const-ae/ggsignif")

geom_signif - 常用参数

# geom_signif()主要参数如下：
geom_signif(mapping = NULL, data = NULL, stat = "signif",
            position = "identity", na.rm = FALSE, show.legend = NA,
            inherit.aes = TRUE, comparisons = NULL, test = wilcox.test,
            test.args = NULL, annotations = NULL, map_signif_level = FALSE,
            y_position = NULL, xmin = NULL, xmax = NULL, margin_top = 0.05,
            step_increase = 0, tip_length = 0.03, size = 0.5, textsize = 3.88, family = "", vjust = 0, ...)

comparisons       # 设置需要比较的组，使用list()表示。e.g. list(c("a","b"), c("a","c"))
test              # 选用的统计检验方法
# 常用方法：t.test(), wilcox.test(), aov(), anova(), kruskal.test()
map_signif_level  # TRUE | FALSE。选择TRUE的情况下，用星号“*”替代p-value
step_increase     # 不同组差异之间标注的距离。
# 常用参数：0.2
textsize          # 标注的大小（p-value | “*”的字符大小）。
                  # 常用参数：3

以鸢尾花数据集为例

1、传递参数给所使用的统计检验方法

传递参数表示对应检验方法，使用单侧还是双侧检验。

使用方式：

geom_signif(test = wilcox.test, test.args = c("two.sided"))
geom_signif(test