利用群体遗传数据估计基因组上重组率

最新推荐文章于 2026-05-30 10:49:07 发布
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本文介绍了如何利用FastEPRR软件来估计基因组上的重组率。首先，需要将数据转换为VCF格式，可以通过TASSEL或Mega2完成。接着，使用Beagle4.1进行未定位基因型的插补。然后，使用vcftools按染色体分割VCF文件。最后，在R环境中安装并运行FastEPRR，通过三个步骤计算单个染色体的重组率。若要计算整个基因组，需对所有染色体重复此过程，可以在Linux下编写脚本来自动化此任务。

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计算所用软件：FastEPRR，需要熟悉和掌握的软件，PLINK，TASSEL， vcftools， Beagle4.1, R

准备工作：
1. 准备输入文件，phased genotype file with VCF format
2. 如何实现 phased genotype file? 假如我们手中的是unphased的 vcf 文件或者hapmap 或者plink 软件格式。
首先准备VCF 格式，可以采用Mega2软件或者TASSEL 进行转化，我的文件是plink 的格式，用TASSEL 转化（这个时候一定要设置最小等位基因频率进行过滤，否则产生的VCF文件有可能报错），如下：

./run_pipeline.pl -fork1 -plink -ped file.ped -map file.map -filterAlign -filterAlignMinFreq 0.05 -export file_vcf

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#数据 #重组率-基因组-R
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