非靶向代谢组

原创于 2022-04-11 15:18:51 发布 · 3.5k 阅读

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非靶向代谢组学通过LC-MS和GC-MS技术检测生物样本如粪便、血液中的代谢物，通过比较实验组和对照组，寻找差异代谢物并构建代谢通路。实验包括总离子流图、代谢物鉴定、分类图、PCA得分图、差异代谢物热图和代谢通路影响因子图等，为生命科学研究提供深入见解。

非靶向代谢组学是将生物体所有内源性代谢物作为研究目标（广筛），重点在于比较实验组和对照组，发现寻找其种具有显著变化的代谢物质（差异代谢物），并构建代谢通路以解释代谢物于该生命体的关联。
微基生物可以利用LC-MS、GC-MS等技术来检测粪便、血液等样本中非靶向代谢物的含量。

实验方法

结果展示

正离子模式下总离子流图（TIC）

负离子模式下总离子流图（TIC）

Annotation	RI	mz	rt	rtmins	KEGG	B10	B11
Pyruvic acid	1052.7	174.0932035	425.617	7.093616667	C00022	0.3565036	0.056507411
Lactic acid	1064.7	117.0999985	436.85	7.280833333	C00186	4.747036327	3.344078952
Glycolic acid	1078.8	177.1000061	449.6945	7.494908333	C00160	1.326885339	0.527382498
Alanine	1107.6	116.1432731	476.326	7.938766667	C00041	3.028170541	3.084627979
Oxalic acid	1136	190.1000061	502.318	8.371966667	C00209	0.194537206	0.091481498
Heptanoic acid	1177.8	144.1581335	539.863	8.997716667	C17714	0.115500201	0.128741438
2-Aminobutyric acid	1178.3	130.1487871	540.51	9.0085	C02356	0.364989578	0.079262412
Methylmalonic acid	1203	247.0898469	562.6535	9.377558333	C02170	0.035611705	0.005913077
Valine	1223.2	144.1828377	579.983	9.666383333	C00183	1.50831138	0.379191532
4-Hydroxybutanoic acid	1239.1	117.0711577	593.143	9.885716667	C01770	0.146412544	0.086628849
Urea	1246.4	189.1000061	599.877	9.99795	C00086	0.07279439	0.009963712
Benzoic acid	1252.1	179.0967188	604.696	10.07826667	C00180	0.757627476	1.088216438
1,3-Di-Tert-Butylbenzene	1261.3	175.1661048	612.737	10.21228333	NA	0.934027453	0.03662111
Ethanolamine	1275.3	174.1877773	624.2735	10.40455833	C00189	6.510647873	1.843890014
Leucine	1279.6	158.1784614	628.416	10.4736	C00123	0.941304245	0.363700099
Glycerol	1283.5	205.1000061	632.9085	10.548475	C00116	18.67529482	22.50317805
Phosphoric acid	1284	299.1000061	633.189	10.55315	C00009	536.4761026	661.2377331
Proline	1306.1	142.1501043	650.863	10.84771667	C00148	0.322801402	0.080096555
Glycine	1316.6	174.1862447	658.924	10.98206667	C00037	16.92097907	17.66554668
Succinic acid	1316.9	247.1574299	659.2495	10.98749167	C00042	0.723656144	0.531405997
Glyceric acid	1341	292.1895564	678.819	11.31365	C00258	0.793085658	0.10722067
Uracil	1347.4	241.1000061	683.955	11.39925	C00106	0.740366515	0.203055317
Fumaric acid	1349.6	245.1000061	685.522	11.42536667	C00122	0.490779555	0.201807865
Nonanoic acid	1362.1	215.1775755	695.503	11.59171667	C01601	0.071946663	0.060307398
Serine	1370.9	204.1952103	702.576	11.7096	C00065	4.056129365	3.551741534

正模式下样品中代谢物鉴定结果

代谢物分类图

PCA得分图

差异代谢物热图

代谢通路影响因子图

参考文献

1 植物代谢组学的典型，研究以质谱为基础，进行了一些了的整合分析。Bais P., et al. 2012. Plantmetabolomics.org: mass spectrometry-based Arabidopsis metabolomics- database and tools update. Nucleic Acids Res. 2012 Jan;40(Database issue):D1216-20. doi: 10.1093/nar/gkr969. Epub 2011 Nov 10.

2 非靶向代谢组学的实际案例，文章使用气相色谱/质谱代谢组学平台。Tsugawa H., et al. 2011. Practical non-targeted gas chromatography/mass spectrometry- based metabolomics platform for metabolic phenotype analysis. J Biosci Bioeng. 2011 Sep;112(3):292-8. doi: 10.1016/j.jbiosc.2011.05.001. Epub 2011 Jun 8.