Error in `[.data.frame`(feature.names, , gene.column) : 选择了未定义的列

使用Seurat包读取10XGenomics数据时出现了报错

> test <- Read10X(data.dir = "../../GSE176078/CID3946")
Error in `[.data.frame`(feature.names, , gene.column) : 选择了未定义的列

使用?Read10X查看函数参数，发现

gene.column的默认值是2。同时，对比报错的文件（如下左图）和读取正常的示例文件（如下右图），报错文件中只有一列gene symbol。而示例文件中一共有两列，分别是Ensembl ID和gene symbol。Read10X读取时，取gene symbol，所以默认值是2。

所以，修改默认值gene.column = 1就可以了

> test <- Read10X(data.dir = "../../GSE176078/CID4465",gene.column = 1)
> class(test)
[1] "dgCMatrix"
attr(,"package")
[1] "Matrix"
> test[1:5,1:5]
5 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
              CID4465_AAACGGGTCATCGATG CID4465_AAACGGGTCGGAAACG CID4465_AAAGATGAGGTGTGGT CID4465_AAAGCAATCCTTTACA CID4465_AACCATGGTACGCTGC
RP11-34P13.7                         .                        .                        .                        .                        .
FO538757.3                           .                        .                        .                        .                        .
FO538757.2                           .                        1                        .                        .                        .
AP006222.2                           .                        .                        .                        .                        .
RP4-669L17.10                        .                        .                        .                        .                        .