Пакет: mafft (7.525-1 и други)

Връзки за mafft

Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник mafft.

Отговорници:

Външни препратки:

Начална страница [mafft.cbrc.jp]

Подобни пакети:

Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

MAFFT is a multiple sequence alignment program which offers three accuracy-oriented methods:

 * L-INS-i (probably most accurate; recommended for <200 sequences;
   iterative refinement method incorporating local pairwise alignment
   information),
 * G-INS-i (suitable for sequences of similar lengths; recommended for
   <200 sequences; iterative refinement method incorporating global
   pairwise alignment information),
 * E-INS-i (suitable for sequences containing large unalignable regions;
   recommended for <200 sequences),

and five speed-oriented methods:

 * FFT-NS-i (iterative refinement method; two cycles only),
 * FFT-NS-i (iterative refinement method; max. 1000 iterations),
 * FFT-NS-2 (fast; progressive method),
 * FFT-NS-1 (very fast; recommended for >2000 sequences; progressive
   method with a rough guide tree),
 * NW-NS-PartTree-1 (recommended for ∼50,000 sequences; progressive
   method with the PartTree algorithm).

Етикети: Biology: Clustal/ALN, Proteins, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::plaintext, Works with: Biological Sequence

Други пакети, свързани с mafft

зависимости

препоръчани

предложени

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, loong64, sh4]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.41) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.42) [loong64]
dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

GNU C Library: Shared libraries
също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
dep: perl

Larry Wall's Practical Extraction and Report Language

rec: blast2 [ia64]

Пакетът не е наличен
rec: libwww-perl

simple and consistent interface to the world-wide web
rec: lynx

classic non-graphical (text-mode) web browser
rec: ncbi-blast+ [не ia64]

next generation suite of BLAST sequence search tools
rec: ruby

Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

enh: t-coffee

Multiple Sequence Alignment

Изтегляне на mafft

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	7.525-1	1 011,8 кБ	14 678,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	7.525-1	1 158,5 кБ	13 589,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	7.525-1	958,1 кБ	12 416,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	7.525-1	783,4 кБ	9 145,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	7.525-1	897,3 кБ	11 170,0 кБ	[списък на файловете]
i386	7.525-1	1 010,4 кБ	13 541,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	7.505-1	1 103,2 кБ	24 053,0 кБ	[списък на файловете]
loong64	7.525-1	975,8 кБ	13 753,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	7.525-1	981,4 кБ	10 985,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	7.525-1	1 051,8 кБ	17 174,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	7.525-1	1 028,2 кБ	16 470,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	7.525-1	1 087,4 кБ	9 730,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	7.525-1	1 059,1 кБ	15 720,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	7.525-1	883,0 кБ	11 962,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	7.525-1	1 083,5 кБ	33 592,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	7.525-1	1 063,3 кБ	12 137,0 кБ	[списък на файловете]