医学图像配准软件 ANTs（Advanced Normalization Tools）的安装和使用说明

本文是关于医学图像配准软件 ANTs（Advanced Normalization Tools）的安装和使用说明。

ANTs

ANTs 是 Advanced Normalization Tools 的缩写，是基于 C 语言的一个医学图像处理的软件，速度比较快。

ANTs 支持 2D 和 3D 的图片，包括以下格式的文件：
• Nifti (.nii, .nii.gz)
• Analyze (.hdr + .img / .img.gz)
• MetaImage (.mha)
• Other formats through itk::ImageFileWriter / itk::ImageFileWriter such as jpg, tiff, etc. See ITK documentation.

ANTs 的安装

ANTs 的安装主要有两种形式，一种是基于源码的安装，安装完毕后可以直接在命令行调用相应的功能，另一个种是基于 python 的安装，安装完毕后可以在 python 中直接调用相应的包进行使用。两种方式暂时只支持 Linux 和 Mac 系统。

(1) 基于源码安装 ANTs

• 首先要安装 git , cmak 和 c++ 编译器；

• 在命令行里运行：

  git clone git://github.com/ANTsX/ANTs.git  #从github上克隆相应的仓库，保存在当前目录下的ANTs文件夹下
  mkdir antsbin  #创建antsbin文件夹
  cd antsbin  #进入antsbin文件夹
  ccmake ../ANTs  #进入cmake界面，然后依次按下'C'键，稍作等待，再按下'C'键和'G'键，分别完成设置和生成后回到命令行
  make -j 4  #进行编译，需要运行较长时间
  

  如果遇到 cmake 或 ccmake 版本不匹配的问题需要将其卸载重装，并更新环境变量。

• 编译完之后如果在 antsbin 目录下出现 bin 目录，则可以进行下一步了，若没有 bin 目录，需要自己建立 bin 目录，并把三个地方的文件拷贝进去，具体做法如下：

# 在 antsbin 目录下
mkdir bin #在antsbin下建立bin目录
cp ./ANTS-build/Examples/* ./bin # 将ANTS-build/Examples下的文件复制到bin目录中
cp ./staging/bin/* ./bin #将staging/bin下的文件复制到bin目录中
cp ../ANTs/Scripts/* ./bin #将ANTs/Scripts下的文件复制到bin目录中

• 设置环境变量，更改.bashrc或.profile文件

cd ~