FreeSurfer和FSL的安装和使用（脑部图像去除头骨+对图像和label同时进行仿射对齐）教程

最新推荐文章于 2026-04-08 09:49:18 发布

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#FreeSurfer #脑部图像 #颅骨去除 #去除头骨 #医学图像处理

本文详细介绍了FreeSurfer与FSL在Linux系统下的安装步骤与使用方法，包括颅骨去除、图像配准及仿射对齐等脑影像处理流程。FreeSurfer适用于Linux和MacOS，安装简便但处理耗时。FSL则用于解决仿射对齐问题，尤其在图像和标签对齐方面表现出色。

FreeSurfer当前只支持Linux系统和Mac OS。我所使用的系统是Ubuntu 16 .0.4，FreeSurfer的安装耗时较小，但是在处理时耗时较长，可能需要数个小时，甚至一天，这个取决于机器性能，但是和GPU好像没太大关系。下面先给出总的安装步骤，然后单独给出详细的安装步骤。

首先给出几个我参考的文章：

其中第2个参考文章还安装了FSL，我现在也不是很清楚这个FSL是什么，据我的安装和使用结果来看，没必要单独安装，FreeSurfer里应该集成了FSL。（2020.09.15更新，在文章的第四部分增加了FSL的安装和使用说明）

一、FreeSurfer总安装步骤

wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.1.0/freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.1.0.tar.gz #下载安装包
tar -zxv -f freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.1.0.tar.gz #解压缩
# 注册，得license.txt，并将license.txt拷贝到./freesurfer目录下
sudo chmod -R 777 ./freesurfer #改变freesurfer的权限
vi ~/.bashrc
# 在~/.bashrc文件中添加以下两行
export FREESURFER_HOME=/home/syzhou/zuzhiang/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
source ~/.bashrc
sudo apt-get install tcsh #安装tcsh，类似与bash，不安装运行的时候会报错

二、FreeSurfer安装分步介绍

1. 下载FreeSurfer压缩包

首先到官网下载相应的安装包，下载界面如下图所示，看好是下载Linux下的还是MacOS下的，虽然Linux下的安装包写的是CentOS，但是也支持Ubuntu。在红色框上面右击选择“复制下载连接”，然后在Linux系统下选择相应的路径，使用命令wget https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/7.1.0/freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.1.0.tar.gz 下载安装包。
在这里插入图片描述

2. 安装

虽然说是安装，其实只需要解压就可以了，使用命令tar -zxv -f freesurfer-linux-centos6_x86_64-7.1.0.tar.gz进行解压缩，如果你下载和我不是同一个版本，需要把压缩文件的文件名改一下，下同。解压后会在当前目录下生成一个名为freesurfer的文件夹。

3. 注册

前往官方注册网站进行注册，过段时间后会收到一封电子邮件，附件中有名为license.txt的文件，下载下来，放到freesurfer文件夹下面。注册页面如下图所示。
在这里插入图片描述

4. 改变freesurfer文件夹权限

使用命令sudo chmod -R 777 ./freesurfer更改文件夹权限，文件夹路径可能需要根据自己的做相应的调整。

5. 添加环境变量

使用vi ~/.bashrc命令打开环境变量文件，在~/.bashrc文件中添加以下两行：

export FREESURFER_HOME=/home/syzhou/zuzhiang/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

并使用source ~/.bashrc命令使改变后的环境变量立即生效。然后会显示下图所示的信息。
在这里插入图片描述

6. 安装tcsh

使用sudo apt-get install tcsh 命令安装tcsh，tcsh类似与bash，不安装的话，运行的时候会报错。

7. 测试

在命令行中输入recon-al --help命令，如果显示帮助信息则说明安装成功，如果提示命令不存在或者只显示了路径信息则说明安装有问题，前者可以通过重新安装解决，后者应该是安装的第6步有问题。

三、FreeSurfer的使用

这里主要是使用FreeSurfer来对脑部图像做头骨的去除。参考的文章是最开始提到的第四篇。

!!!

需要格外注意的是，每次进入终端使用FreeSurfer的时候需要输入命令：

export FREESURFER_HOME=/home/syzhou/zuzhiang/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

否则不能正常使用。

!!!

以下是使用FreeSurfer批量对图像进行去除头骨和仿射对齐等操作。其中path/a/b/c变量的值需要根据实际情况来改变。代码的第19行，如果图像文件的格式名不同，需要保留的字符串长度也不同，只需要文件名（不包括扩展名）即可。

cmd变量对应的命令中，a/b/c是环境变量配置命令，recon-all是颅骨去除的命令，mri_convert是进行格式转换，从mgz转到nii.gz，只是为了方便查看，mri_convert --apply_transform是进行仿射对齐操作。

import os
import glob

path = r"/home/syzhou/zuzhiang/Dataset/MGH10/Heads"
# 读取目录下的.img文件
images = glob.glob(os.path.join(path,"*.img"))

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