chia-pet2

最新推荐文章于 2026-04-14 17:59:40 发布

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生信学习笔记

ChIA-PET2是一个用于分析ChIA-PET数据的工具，从原始测序读段开始，形成染色质互作环。它包括linker修剪、读取对齐、重复删除、峰检测和环状结构调用等步骤。用户可以通过指定参数进行运行，例如基因组索引、bedtools染色体大小文件和输入的fastq文件。输出文件包括染色体内和间的环状结构以及经过MICC处理的环状结构，还提供质量控制图表来评估结果。

1、什么是ChIA-PET2？

能够分析不同类型的ChIA-PET数据从原始的测序读段，形成染色质互作环（chromatin loops）的有效便捷的工具

ChIA-PET2整合了ChIA-PET数据分析的所有步骤，包括linker trimming，read alignment，duplicate removal，peak calling和chromatin loop calling

2、流程

在这里插入图片描述

3、命令

ChIA-PET2 -g genomeindex -b bedtoolsgenome -f fq1 -r fq2 -A linkerA -B linkerB -o OUTdir -n prefixname

参数说明：

-g bwa的基因组索引文件

-b 为bedtools提供的染色体大小文件（UCSC上下载）

-f，-r 输入的两个fastq（.gz）文件

-A，-B 两个linker序列，默认为GTTGGATAAG 和 GTTGGAATGT

-o 输出目录，默认为output

-n 输出文件的前缀名

Running Step 1: Trim Linker ...
Running Step 2: BWA ...

bwa_wrap hg19.fa OUTdir7/index-1_1.valid.fastq 1 OUTdir7/index-1_1.valid.sam 0
Running BWA on trimmed reads ...

4、输出的文件：

prefixname.interactions.intra.bedpe: 染色体内的环状结构 (11 columns)
prefixname.interactions.inter.bedpe: 染色体间形成的环装结构(11columns)
prefixname.interactions.MICC: 用MICC，在loop calling里找到的信号比较强的环(13columns)
prefixname.QCplot.pdf: 输出的质控图表

在这里插入图片描述
MICC文件有11+2列，最后两列(PP（ -log10(1-PostProbability) ）和 FDR )是利用MICC基于贝叶斯混合模型得评估结果