二、ChIA-PET2——4、在conda虚拟环境安装ChIA-PET2依赖的软件

由于之前的不是基于理解做的，在了解一些基础知识后决定重新做一遍ChIA-PET2的准备工作
本文对ChIA-PET2的前期工作，做了一个梳理，希望可以帮到大家

1、使用conda在虚拟环境安装

首先要理解什么是虚拟环境，一个虚拟化，从电脑独立开辟出来的环境。通俗的来讲，虚拟环境就是把一部分内容独立出来，我们把这部分独立出来的东西称作“容器”，在这个容器中，我们可以只安装我们需要的依赖包，各个容器之间互相隔离，互不影响。譬如，本次学习ChIA-PET2需要用到python2.7或者其他python版本，做一个python2.7的虚拟环境，里面只需要安装ChIA-PET2相关包就可以了。
我在这里使用了conda，创建了虚拟环境。

2、Anaconda创建、激活、退出、删除虚拟环境

①安装python=2.7版本的基础上，创建名为sun的软件安装环境

conda create -n sun python=2.7

查看当前conda环境，可以看到成功建立的sun

conda info --envs

我的操作页面是这样的

②激活/进入conda的sun环境，避免安装软件时安装到大环境

source activate sun

可以看到，我们把环境由base切换到了sun
小环境sun创建成功，可以随便安装软件到小环境里啦

③添加环境变量

vim /etc/profile #修改环境变量
export PATH=$PATH:/home/sunhm/tar/conda/sunn/bin/conda
source /etc/profile #修改变量之后，需要马上生效变量设置

④退出环境

source deactivate # 退出当前环境

3、安装软件

①安装bwa

git clone https://github.com/lh3/bwa.git
cd bwa
make

./bwa

安装完成可以看到这样的信息

②macs2、samtools、bedtools

conda install -c bioconda sra-tools -y    # sra-tools用于下载数据
conda install -c bioconda fastqc -y       # fastqc查看测序数据质量
conda install -c bioconda multiqc -y      # multiqc可以合并多个fastqc的结果到一个html
conda install -c bioconda trim_galore -y  # trim_galore去除接头和低质量的 reads
conda install -c bioconda bowtie2 -y      # bowte2是比对软件
conda install -c bioconda samtools -y     # samtools 处理sam和bam文件
conda install -c bioconda bedtools -y     # bedtools 处理 bed 文件
conda install -c bioconda macs2 -y        # macs2 用于Peak Calling
conda install -c bioconda igvtools -y     # IGV的命令行工具
conda install ucsc-wigtobigwig -y         # wig 转 bigwig
conda install ucsc-bedgraphtobigwig -y    # bedgraph 转 bigwig
conda install -c bioconda ucsc-bedclip -y # bedclip 删除bed文件中不在染色体上的行
# -y 表示安装时不询问

③R中ggplot2、VGAM两个包

可以参考我的另一篇文章
https://blog.csdn.net/viola_/article/details/117046291

这样ChIA-PET2一个完整的环境就配置好了

4、跑程序ChIA-PET2

①解压数据

gzip -d ENCFF000KYG.fastq.gz
gzip -d ENCFF000KYK.fastq.gz

后续参考另一篇文章
https://blog.csdn.net/viola_/article/details/117047114

ChIA-PET分析的不同步骤都支持质量控制措施，ChIA-PET2提供全面的质量控制可视化图来评估ChIA-PET实验的质量。首先通过链接器修剪统计量量化链接器连接的效率和排序读取中的情况，由此选择是否保留无链接器的读取；第二读取对齐统计信息，用直方图可视化映射读取比例；第三显示了不同类型的PETs的组成；第四是染色体内和染色体间PET的比例，比例越低实验质量越高；最后比较染色体内和染色体间相互作用的PET计数分布。以上五个指标利用ChIA-PET2皆可自动绘制。