Το 1837 έρχεται στο Άγιον Όρος μαζί με τον συμπατριώτη του Νικόλαο Κουντούλη, μετέπειτα αρχιμανδρίτη Ναθαναήλ Ξηροποταμηνό (†1896), ως υποτακτικός στον ηγούμενο της μονής Ξηροποτάμου Διονύσιο Αγιομαμίτη, όπου στη συνέχεια χειροτονήθηκε διάκονος. Το 1840 πήγε στη Θεσσαλονίκη, ακολουθώντας τον Διονύσιο που έγινε Γενικός Επίτροπος του Αγίου Όρους.
Στη Θεσσαλονίκη στα δύο χρόνια που έμεινε ο Ευγένιος, παρακολούθησε μαθήματα σε κάποιον Αστέριο. Στη συνέχεια ο γέροντάς του πηγαίνει στην Κωνσταντινούπολη και ακολουθώντας τον μένει εκεί μια 4ετία παρακολουθώντας μαθήματα ως το 1846. Σε ηλικία 25 ετών χειροτονήθηκε αρχιμανδρίτης.
Κατόπιν επέστρεψε στην μονή Ξηροποτάμου προγραμματίζοντας τις σπουδές του για τα επόμενα χρόνια στην Ευρώπη. Τον Αύγουστο του 1847 όταν παύθηκε ο ηγούμενος της μονής Δάγκου Άνθιμος Χαριουπόλεως, κλήθηκε να αναλάβει την ηγουμενία της.
